این فعال سیاسی روز 18 شهریور ماه توسط مأموران وزارت اطلاعات بازداشت شد. مأموران سپس با مراجعه به منزل وی، کامپیوتر، کتاب ها و کلیه دست نوشته های او را ضبط نمودند.

وی در طی دوران بازداشت به مدت 35 روز در سلول انفرادی نگهداری شد و سپس به اتاق های عمومی بند 209 منتقل شد. اتهامات فرجی از سوی دادگاه انقلاب، اقدام علیه امنیت ملی ، عضویت در حزب دموکرات ایران ، تبلیغ علیه نظام با صدور و انتشار بیانیه ، عنوان شده است.

لازم به ذکر است همزمان با فرجی، عباس خرسندی، قاسم شیرزادیان، سپیده پورآقایی(فعال حقوق بشر)، کوروش فرهاد خانی و میثم رودکی نیز بازداشت شده بودند.