بنا به اطلاع گزارشگران هرانا، ارگان خبری مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران، بهروز آلخانی به همراه ۱۵ تن دیگر در ۷ بهمن ماه ۱۳۸۸ توسط نیروهای امنیتی در شهر سلماس به اتهام رابطه با پژاک بازداشت شد.

وی پس از چند ماه با اتهام جدید مشارکت در قتل دادستان خوی روبرو شد و در شعبه ۱ دادگاه انقلاب ارومیه به ریاست قاضی چابک به اتهام همکاری موثر با پژاک و قتل دادستان شهرستان خوی به اعدام محکوم شد.

پرونده بهروز آلخانی سپس با اعتراض وی به دیوان عالی کشور ارجاع شد و دیوان حکم صادره از سوی شعبه ۱ دادگاه انقلاب ارومیه را نقض کرده و پرونده را به شعبه ۱۰ دادگاه تجدید نظر استان ارجاع داد و حکم اعدام وی مجددا در این دادگاه به تایید رسید.

وی بیش از ۱ سال و نیم را در بازداشت وزارت اطلاعات ارومیه سپری کرد و تقریبا تمام این مدت را در سلول انفرادی بوده است.

برادر بهروز آلخانی به گزارشگر هرانا گفت: "بهروز در طی مدت بازداشت مورد شکنجه قرار گرفته بود. با دریل مچ پای وی را سوراخ کرده بودند و انگشتان دستش را شکسته بودند."

پیمان آلخانی ادامه داد: "به سر وی شک الکتریکی وصل نمودند و به وسیله کابل هم بسیار مورد تعزیر قرار گرفته بود و بر اثر ضرباتی که به سر بهروز وارد کرده بودند وی تعادل روحی خود را از دست داده بود تا جایی که یکبار در جلسه دادگاه به درخواست وکیل تسخیری وی (آقای یدالله حصاری) مبنی بر وخامت وضع روحی بهروز جلسه دادگاه به تعویق افتاد."

وی همچنین ادامه داد: "برادر من به اتهام قتل دادستان خوی بنام (ولی حاجی قلی‌زاده) به اعدام محکوم شده است. در حالی که بهروز به هیچ وجه به قتل دادستان اعتراف نکرده است و تنها مدرکی که علیه وی موجود است اظهارات یکی از دوستان بهروز است که گفته در شب قتل دادستان خوی بهروز آلخانی را پریشان و نگران دیده است."

برادر وی همچنین گفت: "بهروز بی‌گناه است و در ترور دادستان هیچ‌گونه نقشی نداشته است، حتی خانواده دادستان نیز حاضر به شکاین از وی نشده‌اند و اکنون شاکی او مدعی العموم است."

گفتنی است، وضعیت جسمی و روحی بهروز آلخانی در زندان وخیم گزارش شده است و به تشخیص پزشکان وی باید در بیمارستانی خارج از زندان بستری شود ولی مسئولین زندان به بهانه نوع محکومیت وی از اعزام او به بیمارستان طفره می‌روند.

بهروز آلخانی همچنین در پرونده‌ای دیگر به اتهام حمل و نگهداری سلاح گرم به ۱۰ سال زندان محکوم شده است. برادر وی در این زمینه می‌گوید: "در هنگام بازداشت هیچ سلاحی از وی کشف نشده و تنها برای اینکه ادله کافی برای اثبات قتل دادستان در اختیار نداشتند این اتهام را به بهروز وارد نمودند."