در این گزارش به شمار کارکنان وزارت اطلاعات ایران اشاره شده که ۳۰ هزار نفر است. در گزارش پنتاگون آمده که بسیاری از کارمندان وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در عملیات مخفی مشارکت دارند که در جای جای جهان انجام می گیرد؛ از جاسوسی و سرقت فن آوری گرفته تا بمب گذاری و ترور.

تهیه کنندگان گزارش پنتاگون از وزارت اطلاعات ایران به عنوان یکی از بزرگترین و پویاترین مؤسسات امنیتی خاورمیانه نام برده اند.

بنا به محتوای گزارش وزارت دفاع آمریکا، وزارت اطلاعات ایران از سپاه پاسداران به طور تمام عیار حمایت می کند. پنتاگون می گوید سپاه پاسداران ایران در بمب گذاری های تروریستی در نقاط گوناگون دنیا، از آرژانتین تا لبنان دست دارد.

پژوهش ۶۴ صفحه ای پنتاگون همچنین حاکی از آن است که وزارت اطلاعات ایران از حماس، حزب الله، و القاعدۀ عراق حمایت مالی و نظامی می کند و در هر کجای جهان که جمهوری اسلامی منافعی دارد، فعال است. عراق، افغانستان، کویت، لبنان، آلمان، گرجستان، فرانسه، کرواسی، ترکیه، بریتانیا، اتریش، جمهوری آذربایجان، آسیای مرکزی، آفریقا، و کشورهای قارۀ آمریکا (شامل ایالات متحده) در میان این کشورها هستند.

فعالیت های وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در کشورهای آمریکای لاتین سبب شگفتی و نگرانی مسئولان دولت آمریکاست؛ فعالیت هایی که بخشی از راهبرد ایران برای حضور فعال در نزدیکی ایالات متحده تلقی می شود. وزارت اطلاعات با تأمین کمک های مالی و تعلیم نظامی به اعضای حزب الله لبنان، در اسرائیل نیز رخنه کرده است و فعالیت دارد.

وزارت اطلاعات ایران تحت نظارت مستقیم آیت الله خامنه ای اداره می شود و پیش شرط انتصاب به مسند وزارت اطلاعات، روحانی بودن است.

گزارش پژوهشی پنتاگون به حضور و فعالیت فراگیر و روبه گسترش وزارت اطلاعات در خارج از ایران، ورای پیاده کردن عملیاتی نظیر قتل های زنجیره ای، اشاره کرده و حاکی از آن است که وزارت اطلاعات، افراد را فارغ از باور و کیش آنها، به کار می گیرد و شهروندان بریتانیایی، عرب تبار و یهودی اسرائیلی در میان مأموران این وزارتخانه هستند.

در این گزارش آمده که سعید امامی که از معاونان این وزارتخانه بود، یهودی زاده بود و به رغم تبار و کیشش، به سمت معاونت منصوب شده بود.

در ادامۀ پژوهش ۶۴ صفحه ای پنتاگون در خصوص وزارت اطلاعات ایران، آمده است که این وزراتخانه با تقویت عملیات شنود الکترونیکی در خاورمیانه و حوزۀ دریای مدیترانه، فعالیت خود را گسترده تر کرده و افزوده که این عملیات در شمال سوریه و بلندی های جولان توسعه یافته است، اما با این وصف، ظرفیت های ایران در حوزۀ امنیتی، به ویژه در راستای انتقال اطلاعات به حزب الله لبنان، محدود است و وزارت اطلاعات ایران برای گردآوری اطلاعات و اجرای عملیات تروریستی، به حزب الله لبنان وابسته است.

گزارش پنتاگون حاکی از آن است که ایران گونه ای ویروس رایانه ای ایجاد کرده که در عملیات جنگ سایبری به کار می آید. وزارت دفاع آمریکا اما توسل جمهوری اسلامی را به این ویروس نشان ضعف اطلاعاتی آن خوانده است.

به رغم اختلافات ایدئولوژیک، روسیه در اوایل دهۀ نود میلادی در ارایه آموزش های امنیتی به مأموران وزارت اطلاعات ایران نقش مؤثری ایفا کرده است، و این روزها هم وزارت اطلاعات به رغم اختلافات میان شیعه و سنی، به القاعده کمک امنیتی می کند. گزارش وزارت دفاع آمریکا ریشۀ این همکاری را منافع مشترک ایران و القاعده ارزیابی کرده که مبنای آن حضور آمریکا در منطقه، خصوصاً درعراق و افغانستان است.

در این گزارش، استفادۀ متقابل القاعده از ایران در راستای آن عنوان شده که تعدادی از تروریست های القاعده پس از حملات تروریستی ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ همقطارانشان به آمریکا، بتوانند به سلامت از افغانستان به ایران بگریزند. بر مبنای این گزارش، ایران مرکز مناسبی برای ارتباط رهبری ارشد القاعده با متحدانش در منطقه است.

پژوهش اخیر پنتاگون به ۱۷ ایرانی اشاره کرده که بین دسامبر ۱۹۷۹ و مه ۱۹۹۶ خارج از ایران ترور شده اند. همۀ این هفده نفر، مخالف جمهوری اسلامی بوده اند. بر اساس این پژوهش، وزارت اطلاعات ایران مأموران مخفی بسیاری دارد و در حیطۀ جاسوسی به شدت فعال است و این کار را از راه نفوذ سازمان دهی شده به جمع ها و محافل ایرانیان ساکن خارج از کشور انجام می دهد؛ همچنین از طریق ایجاد نهادهایی که مدعی کمک به پناهندگان ایرانی تبار هستند.

پژوهشگران پنتاگون معتقدند که ایران یک واحد ضد اطلاعات قدرتمند با نام عقاب ۲ ایجاد کرده که با هدف صیانت از فعالیت های هسته ای جمهوری اسلامی در راستای غنی سازی اورانیوم ایجاد شده و با تمرکز بر مقابله با کوشش ایالات متحده برای نفوذ به اطلاعات برنامۀ هسته ای ایران فعال تر شده است، اما راه اندازی و فعالیت آن چندان اثرگذار نبوده است.

علیرضا عسگری، کارمند پیشین وزارت اطلاعات که از آن جدا شد، به غرب کمک کرد تا ارتباط جمهوری اسلامی با حزب الله و جزئیات آن را تا اندازه ای دریابند. وی همچنین اطلاعاتی نیز پیرامون راکتور اتمی مخفی سوریه در اختیار اسرائیل گذاشت. گفتنی است که هواپیماهای جنگی اسرائیل ظاهراً بر مبنای این اطلاعات، راکتور اتمی مخفی سوریه را در سال ۲۰۰۷ بمباران کردند.