پس از پیروزی انقلاب اسلامی در سال 1357 دانشگاه‌های ایران به مدت سه سال تعطیل شدند. این تعطیلی در پی مجموع رویداد‌های اوایل سال 1359 روی‌ داد و تا سه سال ادامه داشت رویدادهایی که به انقلاب فرهنگی شهره گشت. هدف چنین انقلابی که مورد حمایت امام خمینی و نیز مانند انقلاب سیاسی به رهبری ایشان بود، اسلامی‌سازی دانشگاه‌ها عنوان شد.

امام خمینی در فروردین سال 59 بر تصفیه‌ی دانشگاه تاکید کرده و فرمودند: «باید انقلاب اسلامی در تمام دانشگاه‌های سراسر ایران به وجود آید تا اساتیدی که در ارتباط با شرق و یا غرب‌اند تصفیه گردند و دانشگاه محیط سالمی شود برای تدریس علوم اسلامی.»

به دنبال این پیام نوروزی بود که فاز اجرایی انقلاب فرهنگی آغاز شد. چند روز بعد بود که رییس شهربانی وقت در بخشنامه‌ای از مسئولان دانشگاه‌ها خواست که از صدور مجوز برگزاری مراسم برای احزاب سیاسی در دانشگاه‌ها خودداری کنند.

حالا نوبت مردم بود که انقلاب فرهنگی را ادامه دهند. در 21 فروردین 1359 دانشگاه تبریز شاهد تظاهراتی بود که بر علیه تشکل‌های دانشجویی غیرهم‌سو با جریان غالب انقلاب به وقوع پیوست، 26 همان ماه برنامه پرسش و پاسخ آیت الله هاشمی رفسنجانی در همان دانشگاه به تشنج کشید و دانشجویان مسلمان پیرو خط امام با اشغال ساختمان مرکزی دانشگاه اعلام کردند تا زمانی که پاکسازی دانشجویان، اساتید و کارکنان اجرا نشود آنجا را ترک نخواهند کرد.

سه روز پس از تشنج در سخنرانی آیت الله هاشمی رفسنجانی امام خمینی در دیدار با اعضای شورای انقلاب فرمودند که ما از محاصره اقتصادی و تجاوز نظامی نمی‌هراسیم ما از دانشگاه‌های غربی و آموزش جوانان ما در جهت منافع شرق و غرب می‌هراسیم. از این رو شورای انقلاب در همین روز به گروه‌های سیاسی داخل دانشگاه فرصتی سه روزه داد تا دانشگاه را تخلیه کنند. درگیری انجمن‌های اسلامی دانشجویان که در دست دانشجویان پیرو خط امام بود با دیگر گروه‌های سیاسی که ساز ناکوک و غیر رسمی داشتند در دانشگاه‌های تهران، شیراز، بابلسر، کرج و جهرم رنگ و بویی از خشونت نیز داشت.

«در روز اول ارديبهشت که آخرین روز مهلت شوراي انقلاب بود، خشونت‌ها به ويژه در دانشگاه تهران به اوج رسيد و پس از آن که به گزارش روزنامه کيهان 349 نفر زخمي و 3 تن کشته شدند دانشجويان پيشگام وابسته به سازمان چريک‌هاي فدايي خلق به عنوان بزرگترين گروه مقاومت کننده، تخليه دفتر خود در دانشگاه تهران را پذيرفتند.»

دوم اردیبهشت همان سال بنی صدر که از حامیان سرسخت انقلاب فرهنگی بود، حکم شورای انقلاب که سرآغاز انقلاب فرهنگی بود را ابلاغ کرد. قریب به دو ماه بعد از آغاز انقلاب فرهنگی بود که امام خمینی در 23 خرداد همان سال فرمان تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی را صادر کرد.

پس از آغاز دانشگاه‌ها در مهر ماه 1362 دانشگاه‌ها دگرگون شده بود، اما چرا انقلاب فرهنگی صورت گرفت. نیم‌نگاهی به اظهارات هواداران و هواخواهان انقلاب فرهنگی نشان می‌دهد که انقلابیون در پی حذف گفتمان ضد انقلاب بودند. گفتمانی که در دانشگاه پنهان شده بود و واقعیت رسمی را نمی‌پذیرفت. علاوه بر این مساله به نظر می‌رسد که تغییر فرهنگ رژیم قبلی نیز مد نظر بوده است، ایده انقلابی استقلال از غرب و شرق حالا باید در دانشگاه‌ها هم به پیروزی می‌رسید. نگاهی به نظر عوامل انقلاب فرهنگی نشان می‌دهد که هدف انقلاب در نظر عوامل آن چنین بوده است.

دکتر نجفقلی حبیبی که از سوی ستاد انقلاب فرهنگی به مدیریت دانشگاه الزهرا منصوب شده بود معتقد است صورت گرفتن یک انقلاب فرهنگی برعلیه فرهنگ رژیم قبل ضروری بود و از این رو باید «اقداماتی در جهت پاکسازی دانشگاه‌ها» و دیگر نهادهای اجتماعی صورت می گرفت. وی معتقد است که انقلاب فرهنگی خواست اسلام‌گرایان نبود و همه انقلابیون خواهان آن بودند.

اما شهید باهنر چند ماه قبل از شهادت سه دلیل برای تعطیلی دانشگاه‌ها آورده‌اند «از یک سو نظام دانشگاهی متناسب با نظام جمهوری اسلامی نبود، [گروه‌هایی که] از سوی جامعه طرد شده‌اند، به این فکر افتادند تا محیط دانشگاه را به پایگاهی برای خود تبدیل کنند، و از همین رو در دانشگاه‌ها مراکزی برای جاسوسی و توطئه و شایعه‌پراکنی و فعالیت‌های ضد انقلابی ایجاد کرده بودند و از سوی دیگر تعداد دانشگاه‌ها و موقعیت جغرافیایی آن‌ها و رابطه این نهادها با میزان نیروی انسانی‌ای که برای این مراکز استاد تربین می‌کنند با یکدیگر تناسب نداشتند.»