اصولگرایان تندرویی که خواهان استیضاح وزیر علوم بودند رضا فرجی‌دانا را به «عدم پایبندی به رویه‌های قانونی» و «مصالح کشور» متهم می‌کردند.

این «عدم پایبندی» نیز از نظر آنان در مواردی مانند «عدم پذیرش و سرگردانی پذیرفته‌شدگان قانونی بورسیه‌های تحصیلات تکمیلی» «بازگرداندن برخی از اساتید اخراج شده توسط هیات‌های رسیدگی به تخلفات یا مراجع ذیربط دانشگاهی»، « اعزام گروه‌های سیاسی بعضا دارای سوابق تندروی در قالب کارشناسان ارزیابی عملکرد روسای دانشگاه‌ها که زمینه ایجاد تنش را در دانشگاه‌ها فراهم نموده و تغییر شیوه انتخاب روسای دانشگاه‌ها برخلاف رویه‌های جاری شورای عالی انقلاب فرهنگی» بود.