وی از مسئولان کشور خواسته قبل از آنکه توافق با این گروه در شورای امنیت ملی به مرحله نهایی برسد٬ «آقایان اجازه نقد و بررسی آن را بدهند.»

خاتمی با تائید اینکه «جای تصمیم در این عرصه شورای امنیت ملی است، نه نماز جمعه، اما نماز جمعه جای روشنگری که هست.»

امام جمعه تهران اضافه کرده «می‌گویند اگر آن طرف دنیای اسلام اتفاقی افتاد شما تحلیل کنید، اما به حادثه‌ای به این مهمی وارد نشوید. این روند پیش برود، به زودی می‌گویند امامان جمعه وارد تحلیل سیاسی هم نشوند، در حالی که در نماز جمعه باید به این مسائل ورود داشت.»

با انتقادهای محافظه‌کاران نسبت به امضای این توافق٬ امامان جمعه به صورت هماهنگ علیه آن سخنرانی کردند که با واکنش مقام‌های دولتی مواجه شد.

رضا اکرمی٬ رئیس شورای فرهنگی نهاد ریاست جمهوری خطاب به امامان جمعه گفته «اگر یک موضوع سیاسی وجود داشته باشد که قابل ذکر کردن در نماز جمعه باشد باید احتیاط کنیم و خطیبان نماز جمعه به صورت کلی به آن قضیه بپردازند اما نباید روی یک مورد مشخص انگشت گذاشت.»

وی افزوده «اگر مسئله‌ای مربوط به نظارت مجلس باشد باید مجلس شورای اسلامی ورود کند و اگر یک مسئله‌ای حقوقی باشد باید قوه قضاییه ورود کند و هر کسی نباید به مسائل سیاسی ورود کند.»