او گفته است: «ما از بيماري ايشان اطلاع داشتيم و اگر اين دوره نيز حكم اعضاي مجمع مقداري به تاخير افتاد براي همين مساله بود. انتخاب حضرت آقا(رهبرمعظم انقلاب)، براي رياست‌ مجمع تشخيص جناب آقاي شاهرودي بود. برخي نيز مي‌گفتند كه ايشان بيمارند و شايد نتوانند. ايشان بيماري داشتند و به درمان نياز بود. بعد كار به جايي كه قرار شد عمل جراحي انجام دهند رسيد. در عمل جراحي كه انجام شد غده‌اي كليه ايشان را گرفته بود. در اتاق عمل قرار بود غده را بردارند كه كليه را برداشتند. يعني پزشكان چاره‌اي نداشتند و لحظه اي بايد تصميم مي‌گرفتند.»

باهنر افزود: «اما در هر صورت كليه را اشتباه برداشتند و پاتولوژي كردند و مشاهده شد كه كليه سالم است و مي‌شد همان غده را بردارند. آنجا بود كه يك عده از پزشكان اصرار كردند ايشان به خارج از كشور بروند و درمان شوند اين تصميم پزشكان بود ولي اينكه در بيت رهبري، شوراي نگهبان يا مجمع اين تصميم گرفته شده باشد، صحت نداشت. البته برخي مي‌گويند كه اگر ايشان نمي‌رفتند بهتر بود ولي برخي نيز معتقدند كه اينكه رفتند بهتر شد. من نيز اعتقاد داشتم كه اگر اين اتفاق نمي‌افتاد مناسب‌تر مي‌بود ولي خب در اين فضا تصميم‌گيري ساده نيست.»