ماجرای انحلال این تشکل غیر دولتی از آنجا برای حاکمیت حیاتی شد که این نهاد هنری در جریان سرکوب تظاهرات پس از انتخابات ریاست جمهوری سال 88 انتقادات رسمی و غیر رسمی زیادی از حاکمیت داشت و گاه و بیگاه خبر می رسید که در حاشیه مراسم جشن، یادمان یا جشنواره ای سینمایی، جمع زیادی از جوانان مخالف جمهوری اسلامی در چنین مراسمی حاضر می شوند و علیه نظام «سوت و کف» می زنند و در مجموع زیربار حرف حاکمیت نمی روند.

از آنجا که تعداد زیادی از بازیگران و کارگردانان محبوب و مطرح سینمای ایران که مواضعی برخلاف دیدگاه های ایدئولوژیک نظام دارند از اعضای این انجمن هستند، این نهاد به پایگاه قدرتمندی مبدل شده که برای جمهوری اسلامی قابل تحمل نبود و از این رو تصمیم به انحلال آن به بهانه مسائل حقوقی گرفت.

به جز بازیگران وابسته به حکومت نظیر احمد نجفی، جهانگیر الماسی و... انحلال خانه سینما با واکنش شدید عموم هنرمندان کشور قرار گرفت. به ویژه آنکه دربین اسامی معترض به این تصمیم چهره های همچون، «بهمن فرمان آرا»، «مجید مجیدی»، «عزت الله انتظامی» و لیست بلندبالایی از بازیگران و کارگردانان سرشناس سینمای ایران دیده می شد.

به دنبال آن جمعی از نمایندگان تندرو مجلس شورای اسلامی همچون «حمید رسایی» و «طیبه صفایی» خانه سینما را لانه فتنه دانستند و وزیر ارشاد رژیم هم اعضای خانه سینما را متهم به همصدایی با غرب و آمریکا کرد. انحلال این نهاد باعث خوشحالی بخشی از بنده نظام نیز شد، اما این تصمیم آنهم در آستانه جشنواره فجر باعث شد تا زمزمه هایی مبنی بر تحریم این جشنواره که دست بر قضا به شدت برای حاکمیت مهم است شنیده شود. همین موضوع باعث شد که احمد توکلی نماینده اصولگرای مجلس از تعطیلی خانه سینما انتقاد کند و آن را دسیسه جناح رحیم مشایی برای کم کردن مشارکت مردم در انتخابات بداند!