او همچنین سعید جلیلی را «نامزد تندروها» در این انتخابات نامید و خواستار جلوگیری از پیروزی وی در انتخابات شد.

در گفت‌وگویی با وب‌سایت قانون آن‌لاین که روز دوشنبه، ششم خرداد، منتشر شد، آقای مطهری اظهار داشت که برخی از مسئولان امنیتی کشور، از جمله یکی از نامزدهای تاییدصلاحیت شده در انتخابات ریاست جمهوری، با «توجیهات امنیتی» خود به شورای نگهبان «القاء» کرده‌اند که حضور اکبر هاشمی رفسنجانی در انتخابات مشکل‌ساز خواهد شد.

آقای مطهری اگرچه از کسی از نام نبرده است، اما از میان هشت نامزد تایید صلاحیت شده در یازدهمین انتخابات ریاست جمهوری ایران تنها چهره‌ای که هم‌اکنون مسئولیت امنیتی دارد، سعید جلیلی است که دبیری شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی را بر عهده دارد.

این نماینده مجلس سپس اظهار داشت اکنون که هاشمی رفسنجانی از انتخابات حذف شده است باید از «پیروزی نامزد تندروها جلوگیری کرد» و نامزد تندروها نیز به گفته او کسی جز سعید جلیلی نیست.

به گفته آقای مطهری، پیروزی سعید جلیلی «برای کشور خسارت‌بار خواهد بود» و او اصلا به خاطر «نداشتن تجربه» صلاحیت نامزدی در انتخابات را ندارد.

او خطاب به سعید جلیلی گفت: «شما خود بهتر از هر کس دیگری می‌دانید که تجربه کافی و صلاحیت لازم برای ریاست جمهوری را ندارید و عده‌ای برای رسیدن به اهداف خود شما را به درون صحنه هل داده‌اند... پیشنهاد می‌کنم انصراف بدهید و ابزار دست دیگران واقع نشوید. انشاء‌الله برای دوره‌های بعد کاندیدا شوید.»

نامزدی سعید جلیلی در این دوره انتخابات ریاست جمهوری ایران با حمایت چهره‌ها و گروه‌های محافظه‌کار همراه شده است که از جمله آنها می‌توان محمدتقی مصباح یزدی، روحانی تندرو طرفدار حکومت ایران، را نام برد.

آقای مصباح یزدی که پیش از این محمود احمدی‌نژاد را رئیس جمهور منصوب امام دوازدهم شیعیان معرفی می‌کرد، این بار در مورد سعید جلیلی گفته است که او عاشق ولایت و پای‌بند به اصول و مبانی است.

جبهه پایداری، از احزاب محافظه‌کار تندرو، نیز از حامیان عمده سعید جلیلی به‌ شمار می‌آید.

اما علی مطهری در این گفت‌وگو تلاش کرده است دلایل مختلف رد صلاحیت اکبر هاشمی رفسنجانی در انتخابات پیش روی را ارائه دهد.

او گفت: «اقبال مردم به آقای هاشمی پس از ثبت‌نام نشان می‌داد که ایشان با رأی بالا پیروز انتخابات است. در نتیجه همه زحمات چهارساله افراطی‌ها برای حذف آقای هاشمی به عنوان رأس فتنه بر باد می‌رفت و دروغ‌های‌شان برملا می‌شد. مثلا مردم به رأس فتنه سی میلیون رأی می‌دادند و این برای تندروها که عامل اصلی بحران چهار سال اخیر بوده‌اند، گران و سنگین بود.»

علی مطهری از چهره‌های سیاسی بود که در ماه‌های اخیر تلاش بسیاری برای حضور اکبر هاشمی رفسنجانی در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم کرد.

در نقطه مقابل، برخی از محافظه‌کاران با متهم کردن آقای هاشمی به دست داشتن در ناآرامی‌های سال ۱۳۸۸ که از آن به عنوان «فتنه» یاد می‌کنند، خواستار رد صلاحیت او در انتخابات بودند.

اما علی مطهری رد صلاحیت آقای هاشمی را «خطای تاریخی» شورای نگهبان می‌نامد که به‌ گفته او باعث ضربه خوردن به خود این نهاد و «تنزل جایگاه» آن شده است.