از آن زمان تاکنون، محمد نوری زاد مسیرتحولی دشواری را طی کرده و انصافا با محمد نوری زاد پیشین 180 درجه فاصله پیدا کرده است. دراین سیرتحولی، او از موجودی جزم اندیش با باورهایی سنگواره شده، به انسانی تحول یافته، آگاه، جسور، باشهامت، دارای وجدان بیدار و خروشنده دربرابر ستم و بیداد تبدیل شده و در این دگرگونی تا آنجا پیش رفته که حدود دوهفته قبل، 24 تیرماه 1392، در نوشتاری با عنوان: "بوسه برپای یک بهایی کوچک" می نویسد: «امروز به دیدن یک خانواده کوچک بهایی رفتم. کوچک از آنروی که: از خانواده یک مادربزرگ مانده است و یک نوه چهارساله. "آرتین" یعنی همان پسرک چهارساله بهایی را نشاندم بریک صندلی و از جانب همه گردنفرازان شیعه، ازاو پوزش خواستم و برپاهای کوچکش بوسه زدم... پدر و مادر آرتین جزاین که بهایی اند، هیچ خطایی مرتکب نشده اند. پس جرمشان چیست ؟ جرمشان تدریس درس های دانشگاهی به جوانان بهایی است. تدریس به جوانانی که به حکم دستگاه های اسلامی ما از تحصیل محرومند».

حدود یک هفته پس از انتشار فراگیر این نامه، خبرگزاری حکومتی "تسنیم" فتواهایی از سید علی خامنه ای را منتشرکرد که یکی از دیگری نابخردانه و خشک مغزانه تر بودند. درمیان این فتواها آمده بود که بهاییان یک فرقه ضالۀ ی مضلۀ هستند و معاشرت با آنان حرام است! یک هفته پس از انتشار این فتوا، درتاریخ 10 مردادماه، نوشته ای دیگر به قلم محمد نوری زاد در وبسایت او با عنوان "فرقه ضالّه ی مضلّه" منتشرشد که درعین حال که از دگرگونی ژرف بینش محمد نوری زاد خبر می دهد، تشت رسوایی دار و دسته سرکوبگر و جنایتکار ولی مطلقه فقیه را نیز برزمین می کوبد. دراین نامه که درقالب استفتاء – طلبیدن فتوا – از سید علی خامنه ای است، نوری زاد در 12 بند به شرح رفتار حکومت آخوندی از بدو برپایی تاکنون می پردازد که 2 بند از آن و نتیجه گیری پایانی اش را نقل می کنم. او خطاب به سید علی خامنه ای می نویسد: «دیدم جناب ایشان همچنان در عرصه ی افتاء برنجس بودن و ممنوعیت معاشرت با اهالی فرقه های ضالّه ی مضلّه اصرار می ورزند، بد ندیدم من نیز به یک فرقه ضالّه ی مضلّه ی مشخص و پرآوازه اشاره کنم تا رسما پاسخ ایشان را دراین خصوص استفتاء کرده باشم». نوری زاد پس از این مقدمه چینی به شرح نابکاری ها، ستمگری ها و جنایات حکومت آخوندی از بدو تأسیس تاکنون می پردازد و از جمله می نویسد: «این فرقه بنای بقای خود را بر ترسانیدن مردم نهاده است. سانسور می کند به وفور، زندانی می کند به وفور، به حریم خصوصی مردم سرفرومی کند به وفور، نمایندگان مجلس را به گله ای بز بدل می کند به وفور، قاضیان مرعوب و مأمور تربیت و اجیر می کند به وفور».

نوری زاد دربخش دیگری از نامه خود در شرح نشانی های این فرقه ضالّه ی مضلّه می نویسد: «رهبر این فرقه تمامی سرنخ های مملکت را به اراده خود بند کرده است و در ازای اختیاراتی که برای خود بلوکه کرده است، کوچکترین اعتنایی به شأن پاسخگویی نکرده و نمی کند. یعنی نمی شود به رهبر این فرقه گفت: آقاجان مسئولی گفته اند و مسئولیتی گفته اند و قانونی و پرسش و پاسخی. هیچ. رهبر این فرقه اما با همان اختیاراتی که برای خود بلوکه کرده است، یک تنه به جای هفتاد میلیون نفر سخن می گوید و یک تنه به جای همه آنان تصمیم می گیرد».

باوجود دگرگونی ژرف در بینش و شخصیت محمد نوری زاد، او هنوزهم منتقدانی دارد. یکی از این منتقدان، نویسنده ای به نام عباس خسروی فارسانی – دانش آموخته دانشگاه امام صادق (ع) و از شاگردان آیت الله مهدوی کنی – است که در تارنمای خود به نام "نجواهای نجیبانه" خطاب به محمد نوری زاد می نویسد: «نمی دانم چرا گویا شما همچنان تلاش می کنید چهره رحمانی اسلام را به نمایش بگذارید و رنسانسی در جمهوری "اسلامی" ایجاد کنید... همه این تلاش ها مشت بر سندان کوفتن است و... راه رهایی ایران و ایرانیان سرنگونی "جمهوری اسلامی" و تشکیل حکومتی مدافع آگاهی، آزادی، دموکراسی و حقوق بشراست. تاکنون تمام راه ها و تلاش ها برای اصلاح این رژیم به شکست انجامیده است و ازاین پس نیز هرتلاشی در راستای اصلاح این نظام بی نظام و گندیده و تزیین و مشاطه گری نقش ایوان این خانه از پای بست ویران گشته "آب در هاون کوبیدن و مشت بر سندان کوفتن و باد درو کردن" است، چرا که این رژیم، از لحاظ بنیان های نظری، کارنامه و ظرفیت عملی و نیز ساختار قانونی اصلاح پذیر نیست».