حسن روحانی با صدور احکامی محمدعلی نجفی را به عنوان معاون خود و رییس سازمان میراث فرهنگی منصوب کرد٬ پستی که زمانی در دولت احمدی‌نژاد٬‌ در اختیار اسفندیار رحیم‌مشایی بود. وی همچنین در احکامی٬‌ جعفر توفیقی و رضا صالحی‌امیری را به سرپرستی وزارت علوم، تحقیقات و فن آوری و وزارت ورزش و جوانان منصوب کرد. هنوز سرپرستی برای وزارت آموزش و پرورش تعیین نشده است.

نجفی به عنوان وزیر آموزش و پرورش به مجلس معرفی شده بود٬ اما تنها به دلیل کم داشتن یک رای٬ موفق به کسب رای اعتماد از مجلس نشد. جعفر میلی‌منفرد و مسعود سلطانی‌فر هم وزرایی بودند که برای وزارت‌خانه‌های علوم و ورزش به مجلس معرفی شده بودند که آن‌ها نیز نتوانستند از مجلس رای اعتماد کسب کنند.

جعفر توفیقی در دولت دوم سیدمحمد خاتمی و پس از استعای مصطفی معین٬ وزیر علوم بود. صالحی‌امیری نیز در زمان ریاست روحانی بر مرکز تحقیقات استراتژیک، معاون پژوهش های فرهنگی و اجتماعی این نهاد بود و در زمان انتخابات٬ به عنوان معاون ستاد انتخاباتی وی ایفای نقش می‌کرد.

این انتصاب‌ها البته با واکنش اصول‌گرایان مواجه شده است. آن ها به ویژه انتظار نداشتند یک روز بعد از آن که مجلس نجفی را به عنوان وزیر آموزش و پرورش نپذیرفت وی به مقام معاونت رییس جمهور و مجموعه بزرگ میراث فرهنگی و گردشگری گمارده شود. مجموعه ای که در زمان احمدی نژاد به دلایل خاص بودجه های فراوان قدرت بسیار کسب کرد.

از سوی دیگر پرویز سروری٬ نماینده مجلس هشتم٬ درباره معرفی وزرای سه وزارت‌خانه بدون وزیر٬ گفت: "مجلس حساسیت خود را در رابطه افرادی که در سال ۸۸ دست به ساختارشکنی و اردو کشی‌های خیابانی زدند و خسارات زیادی را برای مردم و نظام به بار آوردند؛ نشان داد و با حداقل حساسیت سه وزیر را از حضور در دولت یازدهم منع کردند. آقای روحانی باید این پیام را از مجلس دریافت کرده باشد که افراد متخصص و متعهد برای سه وزارتخانه آموزش و پرورش، علوم و ورزش و جوانان را به مجلس معرفی کند".

مساله‌ای که مورد تاکید احمد خاتمی٬ عضو مجلس خبرگان و امام جمعه موقت تهران هم قرار گرفته است: "همه وزرا نسبت به مقام معظم رهبری ابراز وفاداری کردند که این یک ارزش است و نکته دوم نیز این بود که همه وزرای پیشنهادی به صورت صریح یا غیرصریح از فتنه ابراز برائت کردند که این امر ستودنی است... دور بودن از فتنه شاخص تعیین ۳ وزیر جدید باشد".

رجانیوز نوشت: "انتشار نام افرادی چون توفیقی و عبادی که نه تنها ناکارآمدتر از وزرای پیشنهادی پیشین بوده بلکه سابقه آنان در همراهی با جریان فتنه و آشوب، بسیار پررنگ‌تر و جدی‌تر از گزینه‎های قبلی نیز هست، در کنار انتصاب نجفی به عنوان معاون با وجود رای عدم اعتماد مجلس به وی، انتقاداتی را به دنبال داشته و مسیری خلاف جهت شعارهای پرشمار تعامل با قوای مختلف از سوی دولت تدبیر و امید را در پیش رو قرار داده است".

وب‌سایت نزدیک به جبهه پایداری٬ این انتصاب‌ها از سوی روحانی را این‌گونه تعبیر کرده است: "دولت از ابتدای کار بنای ناسازگاری با مجلسی که همراه‎ترین مجلس با دولت به شمار می‎رود را گذاشته است".

یکی از عمده‌ترین دلایل رای عدم اعتماد به محمدعلی نجفی و جعفر میلی‌منفرد٬ از نظر نمایندگان مجلس٬ نزدیکی آن‌ها به معترضان به نتایج اعلام شده‌ی انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۸۸ اعلام شده بود. از نظر نمایندگان مجلس آنان به دلیل نزدیکی به "فتنه" صلاحیت حضور در پست وزارت را نداشتند. گرچه نجفی در سخنان خود در مجلس٬‌این نزدیکی را انکار و اعلام کرد که حتی دیدارش با آیت‌الله خامنه‌ای٬ رهبر جمهوری‌اسلامی٬ چند روز پس از انتخابات به همراه اعضای ستادهای انتخاباتی کاندیداها٬ به دعوت دفتر وی بوده و نه به دلیل انتساب وی به ستاد انتخاباتی مهدی کروبی.

اما در مقابل این واکنش‌ها٬ احمد توکلی٬ از نمایندگان اصول‌گرای مجلس٬ چنین سخن گفت: "مگر قرار است اگر فردی برای پستی رای اعتماد نمی‌گیرد، از حوزه مدیریت کشور کاملا حذف شود؟ وقتی که فردی برای محل معینی مورد تایید مجلس قرار نمی‌گیرد، به معنای این نیست که از همه کارها کنار برود... رئیس‌جمهور طبق قانون اساسی اختیار دارد که معاونین خود را انتخاب کند و فکر می‌کنم آقای نجفی فرد باتجربه‌ای است که در حوزه فرهنگ عمومی توانایی لازم را دارد و مدیری برنامه‌ریز است که می‌تواند در کارش موفق شود".

پیش از این و در زمان معرفی کابینه از سوی حسن روحانی به مجلس٬ برخی رسانه‌ها نوشته بودند که آیت‌الله خامنه‌ای با معرفی چند تن به عنوان وزرای کابینه مخالفت کرده است. آن زمان نام جعفر توفیقی به عنوان وزیر علوم٬ از جمله نام‌هایی بود که مطرح و اعلام شده بود که دلیل عدم معرفی وی٬ مخالفت رهبر جمهوری‌اسلامی با حضور وی در این پست است.