این نماینده مجلس نهم٬ در گفت‌وگویی با با خبرگزاری مجلس٬ چنین اظهارنظر کرده است: "به طور حتم دولت روحانی مصمم به معرفی توفیقی به‌عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری بود، اما طبق اطلاع من رهبر معظم انقلاب با معرفی وی به‌عنوان وزیر پیشنهادی مخالفت کرده‌اند".

پیش از این و پس از معرفی رضا فرجی‌دانا به عنوان وزیر پیشنهادی علوم به مجلس٬ برخی رسانه‌ها نوشته بودند که دلیل این مساله مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با معرفی جعفر توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم بوده است. در هنگام معرفی کابینه روحانی نیز این مساله عنوان شده بود.

توفیقی پس از آن‌که جعفر میلی‌منفرد موفق به کسب رای اعتماد از مجلس نشد٬ به عنوان سرپرست وزارت علوم معرفی شد. عملکرد وی در ماه‌هاى گذشته همواره با انتقاد اصول‌گرایان روبه‌رو شده بود.

عدم معرفی توفیقی در حالی رخ داده که پیش از این مجید انصاری، معاون پارلمانی دولت٬ گفته بود که سرپرست های تعیین شده برای این سه وزارتخانه "علی‌القاعده به عنوان وزیر پیشنهادی دولت به مجلس معرفی خواهند شد".

جعفر توفیقی خود در گفت‌وگویی با روزنامه اعتماد٬ خبر از آن داده بود که ابهاماتی که نمایندگان مجلس در مورد او مطرح کرده بودند، "تقریبا حل شده بود"، اما رئیس جمهور نهایتا به دلایلی دیگر "مصلحت" ندانسته که او را به مجلس معرفی کند. وی البته اشاره‌ای به این مصلحت‌ها نکرده بود.

با این حال غلام‌رضا تاج‌گردون٬ نماینده مجلس٬ در گفت‌وگویی با روزنامه شرق٬ عدم معرفی توفیقی را اشتباه توصیف کرده و گفته بود: "دکتر توفیقی بدون تردید رای می‌آورد، به‌جز گروه خاصی که هر فردی را به عنوان وزیر علوم معرفی کنید، به او رای نخواهند داد. اما رای دکتر توفیقی در مجموع خوب و روبه بهبود بود. دولت اشتباه کرد. نمی‌دانم تصمیم دقیقه ۹۰ دولت بر چه مبنایی بوده… تحلیلم این است که دولت یا مشاوران خوبی در مجلس نداشته یا از افراد خاصی مشورت می‌گیرند که آنها خیرخواه دولت نیستند. این تصمیم دولت تلاش بی‌وقفه و کار سه‌ماهه توفیقی و تیم مشورتی‌اش را هیچ کرد. دکتر توفیقی شخصیتی نیست که بتوان به این سادگی چنین برنامه‌ای برای او پیاده کرد. او شخصیت معتدل، برجسته و وارسته‌ای دارد و فکر می‌کنم دولت با این تصمیم، بسیار اشتباه کرده".

سايت سحام نيوز٬ متعلق به حزب اعتمادملی٬ هفته گذشته نوشته بود که آیت‌الله خامنه‌ای با معرفی سرپرست فعلی وزارت علوم به خاطر "مواضع سياسی" وی مخالفت کرده است: "نگرانی رهبری٬ تغيير شرايط دانشگاه‌ها از امنيتی به آموزشی و فرهنگی است. او بر حفظ و ابقای مديران امنيتی در راس دانشگاه‌های کشور اصرار دارد".

توفیقی در ماه‌های گذشته تلاش کرده بود که مشکل دانشجویان ستاره‌دار و محروم از تحصیل و همچنین برخی از اساتیدی که به اجبار با بازنشستگی روبه‌رو شده بودند را حل کند. وی همچنین اقدام به تعویض روسای چند دانشگاه٬ از جمله شریعتی رییس دانشگاه علامه طباطبایی٬ کرده بود.