یکی از آن اقدامات، تخریب مقبره رضا شاه در اردیبهشت 59 بود که اتفاقاً به دلیل استحکام بالای بنا، چندین روز طول کشید. جالب آنکه این اقدام با مخالفت لیبرال ها به رهبری بنی صدر مواجه شد.

خلخالی در خاطراتش به دلایل تخریب قبر رضا شاه و پاسخ به بنی صدر اشاره می کند و می گوید: «ما در جواب آقای بنی صدر، در روزنامه ها نوشتیم که این خودکامگی نیست، بلکه تبعیت از آرای ملت است و ملت، ما را در این راه تأیید می کنند. بعداً هم امام امت در بیانات خود، تخریب مقبره را تأیید کرد و فرمود: کار آقای خلخالی درست است.

... مقبره شیطانی رضا خان، قطع نظر از اینکه جلوی دیدگاه بارگاه پرجلالت حضرت عبدالعظیم بن عبدالله حسنی را گرفته بود و مردم نمی توانستند از راه دور آن را مشاهده کنند و سلام عرض نمایند و صرف نظر از اینکه جلوی خیابان کشی از طرف غرب شهر ری به طرف شرق و شمال شهر را گرفته بود، تخریب آن یک فایده روانی مهم داشت و آن این بود که دل طرفداران دین و اهل بیت عصمت و طهارت را شاد و لبریز از سرور کرد. شکر به درگاه خداوند که مردم با چشم خود دیدند مقبره سرسلسله دودمان پهلوی، در حکومت اسلامی در هم می ریزد.

من با چشم خود دیدم که در شب حمله به مقبره پهلوی، در میان امواج خروشان مردم اصیل شهر ری و تهران، فقط دو نفر گریه می کردند و به ما می گفتند که چرا این مقبره را خراب می کنید! و بعداً معلوم شد که آنها جزو چند صد نفر پرسنلی بودند که به عناوین جاروکش و رفتگر و دربان و قاری قرآن و مأمور تشریفات و مفتش و جاسوس در آنجا کار می کردند و هر یک، حقوق کلانی از بیت المال مسلمین دریافت می داشتند.

با تخریب این مقبره، روحیه خدایی در مردم زنده شد و بر عکس، در بین طرفداران سلطنت و دودمان پهلوی، ایجاد یأس و نومیدی کرد ... ما شنیدیم که شاه در قاهره، پس از باخبر شدن از تخریب مقبره، دیگر نتوانست روی پای خود بایستد و ناچار شدند او را یک سره به بیمارستان ببرند و سرطان او شروع به فعالیت کرد و سرانجام، به همین مرض از دنیا رفت.

شاه وقتی مرد، من خدمت حضرت امام رفتم، جریان را عرض کردم و گفتم: من دلم می خواست که شاه در نبرد کشته شود، نه در ذلت. امام هم قبول کرد. این احتمال نیز وجود داشت که اگر مقبره بر جای خود باقی بماند، در طول سالیان دراز و در آینده به مزار تبدیل شود.

ما به چشم خود دیده بودیم که مردم ساده لوح پس از زیارت حضرت عبدالعظیم، بر مقبره ناصرالدین شاه هم فاتحه می خواندند. البته، ما دست به کار شدیم و دستور دادیم که سنگ قبر ناصرالدین شاه را بکنند تا اثری از مقبره او در کنار حضرت عبدالعظیم نمانده باشد.