هفته‌نامه "۹ دی" به مدیرمسئولی حمید رسایی٬ نماینده حامی احمدی‌نژاد در مجلس٬ از این توافق‌نامه با عنوان "جام زهر" یاد کرده است. رسایی خود در سرمقاله این نشریه٬ چنین نوشته است: "اگر تا دیروز خون دادیم تا بگوییم «انرژی هسته ای حق مسلّم ماست» از این پس باید بگوییم «انرژی هسته ای حق مسلّم ماست اگر آمریکایی ها قبول کنند!» ظاهرا مهمترین دلیلی که تیم مذاکره کننده هسته ای در ژنو چنین امتیاز مهمی را دو دستی بخشیده است، به دست آوردن امتیاز لغو تحریم ها بوده است اما آیا با زیر بار چنین ظلمی رفتن، توانسته ایم ظلم دیگری به نام تحریم ها را از سر خود برداریم؟ متأسفانه باید گفت که علی رغم پذیرش چنین تعهد سنگینی، آنچه از تحریم ها لغو می شود نیز به یک سراب شبیه است چرا که بر اساس این توافقنامه، هیچ تحریمی لغو نمی شود بلکه تعلیق می شود".

هم‌زمان رجانیوز٬ وب‌سایت حامی جبهه پایداری٬‌ در تحلیلی پیرامون این توافق٬ نوشت: "در حالی که کشورهای ۱+۵ معتقدند توافقنامه ژنو مقدمه ای برای برچیده شدن تاسیسات هسته ای ایران است برخی رسانه های داخلی با بزرگنمایی سعی دارند این توافقنامه را در مقیاس ملی شدن صنعت نفت مطرح کنند...حال سئوال اساسی این است که بر پای چه استدلالی بیانیه تهران که البته انتقاداتی به برخی از حواشی مربوط به آن وارد است، معادل ترکمنچای و گلستان در نظر گرفته شده ولی توافقنامه ژنو که به عقیده کارشناسان به مراتب ضعیف تر از بیانیه تهران است پیروزی بزرگ و فتح الفتوح خوانده می شود؟"

هم‌زمان علی‌اکبر صالحی٬ رییس سازمان انرژی اتمی٬‌هم درباره توافق ژنو گفته است: "می‌توانستیم درشرایط بهتری باشیم و به گونه‌ای این تفاهم‌نامه را قوی‌تر تهیه کنیم. این مسئله دلایلی دارد که دلایل آن را برای روزی که اقتضای تاریخ و شرایط مهیا باشد، می‌توان بازگو کرد".

پس از امضای توافق‌نامه ژنو٬ برخی از اصول‌گرایان به انتقاد از دولت بابت این مساله پرداختند. اما پس از حمایت آیت‌الله خامنه‌ای٬ رهبر جمهوری‌اسلامی٬ دست از انتقادهای خود کشیدند. چند روز پس از این مساله٬ علی‌اکبر ناطق‌نوری٬ رییس بازرسی دفتر رهبر جمهوری‌اسلامی٬ در یک سخنرانی به انتقاد از این دسته از اصول‌گرایان پرداخت و خطاب به آن‌ها گفت: "اینکه بعضی می‌گویند در این توافقنامه خیانت شده است یعنی آن​ها متوجه خیانت شده‌​اند و رهبری متوجه نمی‌شوند".

چند روز پس از این مساله٬ اکبر جباری٬ باجناق غلام‌حسین الهام٬ در صفحه فیس‌بوک خود نوشته بود که سال ۲۰۰۹ احمدی‌نژاد در قالب توافقنامه استانبول می‌خواست "بدون باج دادن به غربی‌ها، همه مسائل هسته‌ای را حل و فصل کند" که جلیلی و آیت‌الله خامنه‌ای مانع آن شدند. جباری افزوده بود در آن سال "جناب جلیلی با هماهنگی رهبری و برخلاف دستور و نظر احمدی‌نژاد، زیر همه توافقات می‌زند و همه چیز را به باد می‌دهد". وی نوشته خامنه‌ای پس از چهار سال در ژنو٬ امتیاز‌های بیشتری داده و امتیاز‌های کمتری گرفته تا به مردم پیام دهد که "همه چیز باید و شاید به دست یک روحانی حل شود، ولاغیر". به گفته جباری "با توجه به مفاد توافق نامه ژنو، واضح است که ما یک عقب‌نشینی مفتضحانه‌ای داشته‌ایم و تقریباً هرچه بود دادیم و هیچ چیزی هم عایدمان نشده است".

هم‌زمان امیر طاهری٬ روزنامه‌نگار ایرانی ساکن اروپا٬ در یادداشتی که در الشرق‌الاوسط منتشر شده٬ نوشت که "متوجه شدم که نسخه‌های انگلیسی، فارسی و فرانسوی با یکدیگر تفاوت دارند. دو مثال در این زمینه می‌آورم: نسخه‌ی فارسی توافق‌نامه می‌گوید که ظرف شش ماه آینده «درآمد ایران از صادرات نفت به دولت این کشور پرداخت می‌شود.» در مقابل، متن انگلیسی تاکید دارد که این پرداخت تنها صورتی انجام می‌شود که ایران به تعهدات خود عمل کند. مثال دوم به پرداخت شهریه دانشجویان ایرانی خارج از کشور مربوط است. متن فارسی به شکل ضمنی عنوان کرده که این موضوع محدودیتی ندارد در حالی که در متن انگلیسی سقف مبلغ پرداختی، ۴۰۰ میلیون دلار تعیین شده که به شکل مستقیم در اختیار دانشگاه‌های مربوطه قرار خواهد گرفت. این کلک در متن فارسی بدین ترتیب زده شده که عبارت‌ها بدون استفاده از فعل، پشت سر هم آمده‌ است به طوری‌که خواننده گمان می‌کند رخ دادن این امور قطعی است. در متن انگلیسی، افعال به کار رفته تاکید دارند که ایران هیچ چیز دریافت نمی‌کند، مگر این‌که چیزی در مقابل داده باشد".