اداره اطلاعات سپاه که چند سالی است در مکاتبات و اخبار به عنوان «سازمان اطلاعات سپاه» از آن یاد می شود، با دستگیری فعالان حزبی، رسانه‌ای و اینترنتی سعی در کنترل فضای سیاسی و خبری ایران دارد. اقدامات اطلاعات سپاه همواره به عنوان نهاد امنیتی موازی با وزارت اطلاعات مورد انتقاد بوده است. در زمستان سال ۱۳۹۰ نیز این سازمان با دستگیری چند تن از روزنامه‌نگاران، مدعی شد که میان بی‌بی‌سی و روزنامه‌نگاران داخلی ارتباطی پنهانی کشف کرده است. در آن زمان " مركز بررسی جرائم سازمان یافته سپاه پاسداران انقلاب اسلامی" وابسته به سازمان اطلاعات سپاه، طی اطلاعیه‌ای از پرونده‌ای خبر داد که خود آن را "چشم روباه" نامیده بود. این سازمان اقدامات دیگری هم داشته که آنها را عملیات شبکه براندازی نرم "دارکوب"، "طرح فتنه عمیق" و.. نامیده است.

سازمان اطلاعات سپاه همچنین با فشار بر خانواده روزنامه‌نگاران خارج از ایران، تلاش کرد فعالیت آنان را تحت تاثیر قرار دهد. در بهمن ۱۳۹۰ و همزمان با دستگیری برخی روزنامه‌نگاران در ایران، بی‌بی‌سی خبر از فشار به خانواده کارکنان خود ‌داد. صادق صبا طی گفتگویی فاش کرد که ماموران اطلاعات سپاه، یکی از خبرنگاران بی‌بی‌سی را از طریق ارتباط تصویری در لندن بازجویی کرده‌اند. او مجبور به انجام بازجویی شده بود تا عضو خانواده‌اش که در ایران بازداشت بود آزاد شود. در تابستان گذشته و در آستانه انتخابات این فشارها افزایش یافت. همزمان خبر فشار بر خانواده‌های خبرنگاران رادیو فردا نیز منتشر شد.

سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، پس از انتخابات ۱۳۸۸ و چند ماه بعد از اوج‌گیری بحران اعتراضات مردمی در اخبار مطرح شد. در مهرماه ۱۳۸۸ سایت الف، وابسته به احمد توکلی نماینده محافظه‌کار مجلس خبر داد: "بعد از طی پروسه‏های طولانی در فرماندهی کل سپاه، نیروهای مسلح و در نهایت دفتر فرماندهی کل قوا، معاونت اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به سازمان اطلاعات ارتقا می‏یابد. با ارتقای معاونت اطلاعات سپاه، حسین طائب فرمانده سابق نیروی مقاومت بسیج به عنوان رییس سازمان اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، منصوب خواهد شد." این سایت افزوده بود: "با توجه به تمرکز دشمن بر جنگ نرم و ضرورت تقویت نهادهای اطلاعاتی- امنیتی در مواجهه با این مساله، می‏توان دریافت که ارتقای معاونت اطلاعات سپاه به سازمان اطلاعات و آشنایی طائب با انواع جنگ نرم، فعالیت اطلاعاتی در کشورمان همراه با تعاریف مدرن دنیا، ماموریت متناسب با این مساله برای خود تعریف خواهد کرد."

در آن زمان گفته می‌شد که شهر تهران در دست سپاه پاسداران است و کنترل اعتراض‌ها به حسین طائب فرمانده نیروی مقاومت بسیج سپرده شده است. بازجویی و بازداشت اصلاح‌طلبان و فعالان سیاسی نیز در اختیار آنان بود. زمانی علی مطهری در نامه‌ای به مدیر کیهان این خبر را بصورت رسمی افشا کرد. او گفت: "وقتی ما مدیریت بحران اخیر را به دست افرادی مانند طائب می‌دهیم که با باتوم بیشتر مانوس است تا فکر و عقل و تدبیر، نتیجه همین خواهد بود."

پس از بحران سال ۱۳۸۸، اطلاعات سپاه با شتاب به قدرتمندترین نهاد امنیتی ایران تبدیل شد. در فروردین ماه ۱۳۹۰ و پس از تلاش ناکام محمود احمدی‌نژاد در برکناری حیدر مصلحی از وزارت اطلاعات، اخباری از سیطره اطلاعات سپاه بر وزارت اطلاعات و نارضایتی احمدی‌نژاد از آن به گوش ‌رسید. وبسایت باکری‌آنلاین که از رسانه‌های نزدیک به احمدی‌نژاد بود طی یادداشتی ادعا کرد علت برکناری مصلحی را نزدیکی به باند امنیتی حسین طائب است. این سایت با اشاره به سوابق حیدر مصلحی در سپاه پاسداران از "عدم اعتماد وی به نیروهای بدنه وزارت اطلاعات" و در مقابل "بکارگیری اعضای سپاه پاسداران در این وزارتخانه" نوشته و مدعی شده بود: "به کارگیری عناصر سپاهی در وزارت اطلاعات که بدنه آن از نیروهای اصیل انقلابی و مکتبی شکل گرفته است، کار را تا آنجا جلو می‌برد که ایشان در پی جلسات سازمان یافته با اعضای یک باند امنیتی-اقتصادی به دنبال اجرای خواسته های این جریان در وزارت اطلاعات بوده‌اند که متأسفانه عزل برخی از معاونین وزارتخانه که از نیروهای باسابقه و قدیمی وزارت اطلاعات بوده اند، در این راستا بوده است."

همزمان، زمزمه تغییر وزارت اطلاعات به سازمان اطلاعات نیز بلند شد. حمید رسایی طی گفتگویی با خبرگزاری فارس خبر داد که "فراكسیون انقلاب اسلامی" مجلس به دنبال طرح این مساله در مجلس و تغییر قانون تاسیس وزارت اطلاعات است. او گفته بود: "وزارت اطلاعات در حكم چشم نظام است و چشم نباید فقط در اختیار یك عضو باشد، بلكه باید در اختیار تمام بدن باشد."

این طرح موافقان زیادی داشت. از جمله محسن رضایی به روزنامه شرق گفته بود: " در اكثر كشورهای پیشرفته دنیا «اطلاعات» یك مساله حاكمیتی و فراتر از امور اجرایی است. در كشور ما نیز در شرایط مناسبی، می‌توان وزارت اطلاعات را تبدیل به سازمان اطلاعاتی كرد." او معتقد بود که وزارت اطلاعات باید مانند صدا و سیما اداره شود.

با تضعیف وزارت اطلاعات، نفوذ سازمان اطلاعات سپاه بیشتر شد. گفته می‌شد که احکام قضایی علیه مخالفان و منتقدان توسط اطلاعات سپاه تعیین می‌شود و قضات دادگاه انقلاب به ماشین امضا تبدیل شده‌اند. حتی برخی محافظه‌کاران تندرو نیز به این مساله معترض بودند. از جمله در ماجرای شکایت مشایی از رضا گلپور نویسنده کتاب شنود اشباح و از فعالان سایت عماریون، طی نامه‌ای به رئیس قوه قضائیه رضا گلپور نویسنده کتاب «شنود اشباح» از دخالت سازمان اطلاعات سپاه در قوه قضائیه خبر داده بود.

نفوذ سپاه در قوه قضائیه گاه شکلی آشکارتر هم داشت. از جمله در دی‌ماه ۱۳۸۸ سرتیپ محمدباقر ذوالقدر به عنوان مشاور قوه قضائیه منصوب شد و یکسال بعد نیز حکم معاونت حفاظت اجتماعی و پیشگیری از وقوع جرم قوه قضائیه را دریافت کرد.

برخی صاحبنظران هرگونه اقدام اطلاعات سپاه در دستگیری، بازجویی و نگهداری متهمان را خلاف قانون دانسته‌اند. از جمله علی شکوری‌راد طی نامه‌ای که در خرداد ۱۳۹۱ منتشر شد به بخشی از تخلفات سپاه در زمینه دخالت در پرونده‌ها قضایی اشاره کرد. او نوشته بود: "اولاً وجود واحد اطلاعات سپاه قانونی نیست. ثانیاً، سپاه به عنوان ضابط قضائی حق ندارد به جمع آوری اخبار و اطلاعات مربوط به مسائل سیاسی و امنیتی مبادرت کرده و در مورد آنها پیگیری اطلاعاتی بنماید."

اعتراض‌های مکرر به اقدامات موازی اطلاعاتی و امنیتی توسط سپاه پاسداران، موجب شد که سخنگوی این نهاد نظامی اساسا چنین چیزی را تکذیب کند. مسئول روابط عمومی کل سپاه، سردار رمضان شریف در گفتگو با باشگاه خبرنگاران وابسته به صدا و سیما گفت: "در زمینه‌های مختلف سیاسی و امنیتی با هیچ سازمان دیگری موازی کاری نداریم. و خطوط فاصل را رعایت می‌کنیم. البته مکمل هم هستیم، هم‌افزا هستیم و با هم همکاری می کنیم. اینکه گاهی در رسانه‌های معاند تلاش می‌شود که به افکار عمومی القا شود که یک سازمان امنیتی موازی با وزارت اطلاعات در سپاه وجود دارد، فقط ادعای دشمن است و واقعیت ندارد."

اما سازمان امنیتی سپاه آنقدر پنهان نبود که بتوان آن را تکذیب کرد. چنانچه علی سعیدی نماینده ولی فقیه در سپاه پاسداران نه تنها آن را تکذیب نکرد بلکه از آن دفاع هم ‌کرد. او در پاسخ به سئوالی مبنی بر اینكه آیا فعالیت اطلاعات سپاه با وزارت اطلاعات به نوعی موازی كاری محسوب نمی‌شود؟ گفته بود : "فعالیت اطلاعاتی سازمان سپاه یك كار موازی لازم است، كه با هماهنگی طرفین و دستگاه‌های بالادستی صورت می‌گیرد و به هیچ عنوان كار موازی مضر نیست."

موازی‌کاریهای اطلاعات سپاه، گاه اعتراض وزارت اطلاعات را نیز به همراه داشته است. در خرداد ۱۳۹۱ حیدر مصلحی وزیر وقت اطلاعات که مورد حمایت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی هم بود، گفت: "باید جلوی موازی‌کار کردن‌ها و به تیپ هم زدن‌ها در کارهای اطلاعاتی گرفته شود." غلامحسین محسنی‌اژه‌ای نخستین وزیر اطلاعات محمود احمدی نژاد نیز در ابتدای روی کار آمدن خود در سال ۱۳۸۴ تاکید کرد که خواهد کوشید تا موازی کاری در فعالیت های اطلاعاتی را کاهش دهد.

چندی پیش آیت‌الله موسوی اردبیلی در دیدار با حجت‌الاسلام علوی، وزیر جدید اطلاعات تاکید کرد: "وزارت اطلاعات باید از موازی کاری دیگر دستگاه‎‌ها مصون بماند." دولت جدید نیز برای حل این بحران کوشید تا نهادی با عنوان "شورای هماهنگی دستگاه‌های اطلاعاتی" را فعال کند. اواخر شهریور، وزیر اطلاعات با اشاره به تلاش‌هایی که جهت تشکیل این شورا شده، گفت: " تمام دستگاه‌های اطلاعاتی فرزندان یک خانواده هستند و ان‌شاءالله هماهنگی هرچه بیشتر این دستگاه‌ها باعث بهره‌وری بیشتر جامعه شود." اوایل آبان نیز پایگاه اطلاع‌رسانی دولت خبر داد که جلسه اول شورای هماهنگی اطلاعات به ریاست وزیر اطلاعات برگزار شده است. در این گزارش آمده بود: "شورای هماهنگی اطلاعات متشکل از روسای سازمان‌ها و نهادهای اطلاعاتی و روسای حفاظت و اطلاعات نیروهای مسلح با هدف هماهنگی وافزایش سطح تعامل میان دستگاه های اطلاعاتی کشور تشکیل شده است."