عوض حیدرپور٬ عضو کمیسیون امنیت ملی مجلس٬ در گفت‌وگویی با سایت جمهوریت٬ خبر از آن داده که "تعدادی از این افرادی را که درباره اخراج و جابجایی شان، جنجال به راه افتاده، می‌شناسم و با جزئیات دقیق می‌دانم کسانی بودند که با مجامع، افراد و گروه‌های سیاسی جلساتی داشتند و اطلاعات مربوط به فعالیتهای هسته‌ای کشور را در اختیار آن‌ها قرار می‌دادند".

به گفته این نماینده مجلس٬ برخی از افراد اخراج شده که "سازمان انرژی اتمی مجبور بود آن‌ها را بردارد یا جابجا کند تا انتشار اطلاعات توسط آنها انجام نشود، کسانی بودند که با یک تعداد از آقایان نماینده ها هم در ارتباط بودند".

حیدرپور درباره دیگر افرادی که همکاری‌شان با سازمان انرژی اتمی به اتمام رسیده٬ چنین اظهارنظر کرده: "تعدادی از این‌ها پروژه‌ای کار می‌کردند و قاعدتا وقتی پروژه‌شان تمام شده، باید بروند؛ برخی هم مدیرانی هستند که اسرار، اخبار و اطلاعات سازمان را به خارج می‌بردند و بنابراین، صلاحیت ادامه کار در سازمان انرژی اتمی نداشتند".

اصول‌گرایان در ماه‌های گذشته٬ بارها سازمان انرژی اتمی را متهم کرده‌اند که تعدادی از همکاران مصطفی احمدی‌روشن و داریوش رضایی‌نژاد را اخراج کرده‌اند. این دو از دانشمندان هسته‌ای جمهوری‌اسلامی بودند که توسط عوامل ناشناس به قتل رسیده‌اند.

قتل‌هایی که به ادعای برخی مسوولان جمهوری‌اسلامی٬ توسط سرویس‌های امنیتی غرب انجام شده است. محی‌الدین حائری٬ از اعضای مجلس خبرگان٬ در این زمینه گفت: "شهدای هسته‌ای ما توسط آژانس شناسایی و به شهادت رسیدند".

حسن روحانی٬ رییس جمهوری٬ نیز هفته گذشته در مراسمی سخنان مشابهی بر زبان آورده بود: "از دوره رنسانس کشورهای صنعتی برای حفظ سلطه و قدرت، علم را حق انحصاری خود می‌دانند تا آن‌جایی که دستگاه‌‎های جاسوسی آن‌ها به خود اجازه می‌دهند تا اندیشمندان ما را ترور کنند. آن‌ها می‌دانند علم هسته ای ایران در مسیر صلح آمیز است و آژانس این را اعلام کرد؛ پس برای چه دانشمندان ما را ترور کردید و متخصصان موشکی ما را ازبین بردید؟. شما امضای خود را در ان‌پی‌تی زیر پا گذاشتید".

دامنه این اعتراض‌ها به نماز جمعه و احمد جنتی نیز رسید و دبیر شورای نگهبان در نمازجمعه تهران٬ پیرامون این مساله گفته بود: "متاسفانه از سازمان انرژی اتمی یاران احمدی‌روشن را بیرون می‌کنند. خبرهای موثق رسیده است، نکنید این کارها را. اینها تاج سر باید باشند نباید بیکار باشند".

این سخنان در نهایت باعث واکنش علی‌اکبر صالحی٬ رییس سازمان انرژی اتمی شد. وی در یک سخنرانی در جمع خانواده دانشمندان ترور شده در برنامه هسته‌ای٬ گفت: "اخراج دانشمندان هسته‌ای خبری از اساس دروغ است و این نوع برخورد نه نقد که بداخلاقی است… تمام جنجال‌ها درباره اخراج نیروها مربوط به ۶ نفر است تاکید کرد که هیچ‌کدام از این ۶ نفر استخدام رسمی سازمان نیستند. ۳ نفر از این نیروها هنوز در حال همکاری هستند و در سمت‌های خود ابقا شده‌اند".

وی همچنین گفته است که بعد از سخنان احمد جنتی در نمازجمعه پیرامون اخراج این افراد٬ به ملاقات وی رفته و توضیحاتی در این زمینه داده است: "ایشان بزرگوارانه همان روز به صدا و سیما دستور دادند که آن بخش از صحبت‌هایشان پخش نشود و فرمودند کاش ما با شما اطلاعاتی را که آورده بودند در میان می‌گذاشتیم".

با این‌حال رجانیوز٬ وب‌سایت نزدیک به جبهه پایداری٬ که یکی از رسانه‌های اصلی منتقد سازمان انرژی اتمی در این زمینه است٬ پاسخ اظهارات صالحی را چنين داده است: "ایشان با بیان «بخشی» از واقعیت؛ تمام ماجرا را شرح نمی دهند… این افراد همانطور که آقای صالحی نیز گفته است نیروهای پیمانی بوده اند اما سوال اصلی اینجاست که چه اتفاقی در چند ماه گذشته افتاده است که تعداد قابل توجهی از نیروهای خدوم و ارزشی این سازمان به جای آنکه به نیروهای استخدامی و رسمی تبدیل شوند، قراردادهایشان نیز در اولین فرصت «غیر قابل تمدید» اعلام شده است؟ به عنوان مثال شهید علیمحمدی و شهید شهریاری نیز در موقع شهادت هیچ گاه استخدام رسمی سازمان انرژی اتمی محسوب نمی شدند لذا تاکید آقای صالحی مبنی بر اینکه این یک روند عادی است که بسیاری از افراد بعد از همکاری کوتاه مدت با سازمان، دیگر عذرشان خواسته می شود، تغییری در صورت مساله ایجاد نکرده و حاکی از تغییرات نگران کننده و جدی در نیروهای انسانی این سازمان مهم است".

تاکنون چند تن از دانشمندان هسته‌ای جمهوری‌اسلامی و یا افراد مرتبط با این برنامه٬ توسط افراد ناشناس به قتل رسیده‌اند. مقامات جمهوری‌اسلامی این ترورها را به اسراییل و غرب نسبت می‌دهند. برخی رسانه‌های غربی، سازمان امنیت اسراییل٬ موساد را متهم به دست داشتن در ترورها کرده و گفته اند این سازمان از کمک‌های سازمان مجاهدین خلق نیز در این زمینه استفاده کرده است.

مسعود علی‌محمدی٬ مصطفی احمدی‌روشن٬ مجید شهریاری و داریوش رضایی نژاد از جمله کشته شدگان هستند. فریدون عباسی٬ رییس سابق سازمان انرژی اتمی نیز از دیگر افرادی بود که گرچه مورد سوءقصد قرار گرفت٬ اما زنده ماند.

مصطفی احمدی روشن، معاون بازرگانی تاسیسات غنی سازی اورانیوم نظنز هم صبح روز ۲۱ دی ماه سال ۹۰ در اثر انفجار یک بمب در منطقه سیدخندان تهران کشته شد. در این حادثه رضا قشقایی،همراه احمدی روشن هم کشته شد. مسعود علی‌محمدی، استاد فیزیک دانشگاه تهران اما در دی ماه سال ۱۳۸۸ بر اثر انفجار یک بمب مقابل خانه خود کشته شد.

مجید شهریاری٬ استاد فیزیک دانشگاه شهید بهشتی بر اثر انفجار یک بمب مغناطیسی که به اتومبیل او چسبانده شده بود کشته شد و در همان روز، فریدون عباسی دوانی، استاد دیگر فیزیک از سوء قصد مشابهی جان به در برد.

پس از انجام این ترورها٬ برخی رسانه‌ها خبر دادند که مرگ اردشيرحسين پور در سال ۸۶ نیز از جمله ترورهای دانشمندان هسته‌ای بوده. خبرگزاری فارس به نقل از رسانه‌های بین‌المللی از وی با عنوان "از محققان برنامه هسته‌ای ايران و ازطراحان سانتريفیوژها" نام برده بود.

محمود احمدی نژاد آن زمان مدعی شده بود که آژانس بین المللی انرژی اتمی اسامی و اطلاعات دانشمندان اتمی جمهوری اسلامی را برای ترور به اسرائیل داده است. وی در کنفرانس "حمايت از انتفاضه فلسطين" گفته بود: "بعد از اينکه رديابی‌هايی را انجام داديم متوجه شديم آژانس انرژی اتمی اسامی دانشمندان هسته‌ای ايران را به دست صهيونيست‌ها رسانده و صهيونيست‌ها با دسترسی به اين اطلاعات، موفق به ترور دانشمندان کشورمان شدند".

پس از قتل احمدی‌روشن٬ اسحاق آل‌حبیب معاون نماینده دایم جمهوری اسلامی در سازمان ملل متحد نیز مدعی شد: "احتمالا تروریست ها از اطلاعات محرمانه دریافتی از سازمان های ملل متحد از جمله لیست تحریمی شورای امنیت و متن گفتگوهای کارکنان آژانس بین المللی انرژی اتمی با دانشمندان ایرانی استفاده کرده اند".