بنا به گفته دانشجویان دانشگاه امام صادق (ع)، تدریس درس تفسیر آیات سیاسی قرآن توسط جلیلی بیشتر بر مبنای پایان‌نامه دکتری وی با عنوان "بنیاد اندیشه سیاسی اسلام در قرآن" است که در سال 1381 در دانشگاه امام صادق(ع) با نمره بالا مورد پذیرش قرار گرفته است.

جلیلی معتقد است اندیشه سیاسی مفهومی است که بیانگر یک نوع تفکر و اندیشه منسجم و دارای چارچوب درباره موضوع سیاست است.

این چارچوب و ساختار فکری منسجم، مؤلفه‌ها، اجزا و تعاریف خاص خود را دارد که چگونگی تعریف این مؤلفه‌ها و ربط آن‌ها به یکدیگر، یک اندیشه سیاسی را به مثابه یک «بنیان » خاص از سایر اندیشه‌ها متمایز می‌سازد.

تبیین اندیشه سیاسی اسلام، می‌تواند در چگونگی عمل پیروان آن تأثیرگذار باشد؛ از یک سو طرح اسلام در جهان به عنوان مبنای نظام حکومتی و از سوی دیگر بروز رفتارهای سیاسی به نام اسلام در گوشه و کنار جهان، موجب شده است تا تبیین اندیشه سیاسی این دین نه تنها برای پیروان و بازیگران عمل سیاسی آن، بلکه برای پیروان سایر ادیان و دیدگاه‌ها نیز که تماشاگر این نوع از عمل سیاسی هستند، قابل توجه باشد.

قرآن درباره هر یک از مؤلفه‌های اندیشه سیاسی مباحثی را مطرح می‌کند که به هر یک از این اجزا و پایه‌ها، قوام و استحکام منطقی می‌بخشد و در مجموع طرح کلی بحث از همگونی، توازن، انسجام منطقی و عدم تعارض بین بخش‌ها برخوردار است.

بنا بر مطالب بیان‌شده توسط جلیلی، پایه‌ و بنیان دولت و جامعه بر چهار مفهوم انسان‌شناسی، معرفت‌شناسی، هستی شناسی و فرجام‌شناسی بنا شده است که با پژوهش و بررسی آیات قرآن و تطبیق این آیات با مفاهیم ذکرشده، بنیان‌های اندیشه‌ای جامعه و دولت را می‌توان یافت.

محورهای تدریس

یکی از دانشجویان کلاس جلیلی، عمده محورهای تدریس وی در این ترم را این گونه بیان می‌کند:

مباحث مقدماتی درس تفسیر و بیان معانی مختلف تفسیر

بیان مفهوم رب به عنوان اصلی‌ترین عامل مجادله پیامبران الهی با مستکبران

مباحث مرتبط با هستی‌شناسی، معرفت‌شناسی، انسان‌شناسی و فرجام‌شناسی در قرآن

تعریف دولت و بیان ماهیت آن مبتنی بر دو مؤلفه حکم و طاعت

لزوم تداوم راه پیامبران و شهادتشان بر جامعه توسط ربانیون و احبار

نقش مردم در حکومت

توجه به کارویژه‌های خاص دولت در اندیشه اسلامی در کنار کارویژه‌های عام آن

بیان نقش دولت در زمینه هدایت‌گری و نقش کارگزاران دولتی در هموارکردن راه سعادت مردم

نحوه تدریس

بنا به گفته دانشجویان، وی معمولاً رأس ساعت 8 صبح در کلاس حاضر می‌شود و بعد از گپی کوتاه با دانشجویان، تدریس خود را آغاز می‌کند.

جلیلی سر کلاس

وی مطالب خود را عمدتاً با پاورپوینت ارائه می‌کند و در حین تدریس نیز اگر سوالی از جانب دانشجویان بیان شود، با روی باز به آنها جواب می‌دهد و از بحث دو طرفه در کلاس استقبال می‌کند.

وی علاوه بر بیان مؤلفه‌های اصلی اندیشه در قرآن، به بررسی و مقایسه این مفاهیم با نظرات فیلسوفان و اندیشمندان غربی نیز می‌پردازد.

حواشی کلاس

بعد از اتمام هر جلسه از کلاس، وی با همراهی برخی از دانشجویان به دفتر دانشکده مراجعه می‌کرد و در مسیر رسیدن به دفتر دانشکده، به سوالات دانشجویان پاسخ می‌داد.

دانشجویان دیگر کلاس‌ها نیز بعد از مشاهده وی، معمولاً سوالات خود را که مربوط به مسائل سیاسی جاری در کشور است از وی می‌پرسیدند که جلیلی از پاسخ به اینگونه سوالات امتناع می‌کرد.

یکی از موارد شایع در برخورد دانشجویان با جلیلی سوالات مربوط به مذاکرات هسته‌ای بود که در بیشتر موارد دانشجویان جوابی در این زمینه از جلیلی دریافت نمی‌کردند. در مواردی نیز درخواست‌هایی از جانب دانشجویان برای حضور جلیلی در جلسات و جشنواره‌های سیاسی فرهنگی ارائه می‌شد که جلیلی بیشتر این دعوت‌ها را رد می‌کرد.

کلاس‌های درس و مطالب بیان شده توسط جلیلی با دوربین فیلمبرداری ضبط می‌شود و معمولاً دانشجویان دیگر کلاس‌ها نیز به صورت مستمع آزاد در جلسات درس شرکت می‌کنند.

نحوه امتحان و نمره دادن

یکی از مواردی که جلیلی در چند سال تدریسش در دانشگاه به آن شهره شده است، اهتمام وی برای حضور منظم دانشجویان در کلاس درس و سخت‌گیری در امتحانات است.