بر پایه این گزارش، معرفی نیلی برای وزارت علوم تاکنون با واکنش‌ها و مخالفت‌های تندی از جانب جامعه دانشگاهی کشور رو به رو گردیده چرا که سابقه ریاست او در دانشکده فنی دانشگاه تهران نشان می‌دهد اقداماتی که در دوره مدیریت وی رخ داده است عموما اقدامات سیاسی و هنجارشکنانه‌ای بوده است. همچنین مرور سوابق فرهنگی نیلی که بارها توسط جریان‌های دانشجویی بیان شده بیانگر این موضوع است که وی به معنای واقعی کلمه اعتقادی به دانشگاه اسلامی ندارد. انتصاب مدیرانی که حتی پایبندی ظاهری و حداقلی به شئونات نداشته‌اند.رجانیوز نوشت: برپایی جشن‌هایی که به محفلی برای روابط خارج از عرف دختر و پسر تبدیل شده، همه در سوابق اجرایی او ثبت گشته است. از سوی دیگر برگزاری اردوهای مختلط بدون ضابطه در دوران ریاست وی و حمایت مالی از این اردوها و موارد دیگری از این قبیل نشان می‌دهد که شورای انقلاب فرهنگی نسبت به رای مثبت یا منفی به نیلی‌احمد‌آبادی کاملا مشخص است که باید کدام را انتخاب کند.در همین راستا می‌توان مواردی از قبیل تحریک دانشجویان در سال 84 در تعطیلی کلاس‌ها به دنبال انتصاب آیت‌الله عمید زنجانی(ره) به ریاست دانشگاه تهران و مورد مشابه آن در فتنه 88 را نام برد. همچنین نقش او در نامه‌ای که در سال 88 توسط برخی فتنه‌گران نوشته شد، بارز است. از طرف دیگر اعمال تبعیض و بغض نسبت به تشکل‌های انقلابی به گونه‌ای که از در اختیار گذاشتن حداقل‌های لازم فعالیت به تشکل‌های همسو با مواضع انقلاب و رهبری به شدت امتناع کرده و در مقابل از هیچ اقدامی برای تقویت تشکل‌هایی که متاسفانه مواضعی همسو با دشمنان کشور نیز داشتند، فروگذار نکرده سوابق او را به خوبی در مدیریت دانشکده فنی دانشگاه تهران نشان می‌دهد.