نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در موسسه کیهان در سرمقاله روز شنبه این روزنامه نوشته بود که سخنان آیت‌الله خامنه‌ای درباره توافق "نشانه عدم اعتماد ایشان به متن برجام است و از دیگر سو، اگر توافق یاد شده با نگاه مثبت حضرت آقا روبرو شده بود، بر ضرورت بررسی متن در مجاری قانون - خطبه عیدفطر و پاسخ به نامه رئیس‌جمهور- تاکید نمی‌ورزیدند". شریعتمداری مدعی شده بود که "بیانات مورد اشاره رهبر معظم انقلاب در خطبه‌های نماز عید فطر امسال کمترین تردیدی باقی نمی‌گذارد که حضرت آقا از نارسایی و عواقب فاجعه‌آفرین توافق یاد شده اطلاع‌ کامل دارند و با جرأت می‌توان گفت که ایشان به هیچوجه از متن تهیه شده راضی نیستند و اگر غیر از این بود با توجه به اطلاع دقیق از توافق وین، تأکید حضرت ایشان بر «متن تهیه شده تصویب بشود یا نشود از اصول انقلاب دست نخواهیم کشید» و تکرار چندباره آن ضرورتی نداشت".

دفتر آیت‌الله خامنه‌ای تا كنون واکنشی به این سرمقاله نشان نداده هرچند برخی از اصول‌گرایان به انتقاد از شریعتمداری پرداخته اند.

پيش تر حمیدرضا مقدم‌فر، مشاور فرهنگی فرمانده سپاه پاسداران، در یادداشت کوتاهی خطاب به شریعتمداری نوشته بود: "چگونه است که برادر انقلابی چون جنابعالی، اصرار دارد به مخاطبان خود تفهیم کند که رهبر انقلاب مثل من فکر می‌کند؟! مثل من تحلیل می‌کند؟! و مثل من می‌فهمد"؟

مقدم‌فر که براساس اعلام سایت آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان مسئول "ستاد نشر و تبلیغ نامه رهبر معظم انقلاب" انتخاب شده، در این یادداشت نوشت: "بهتر نیست به‌گونه‌ای موضع‌گیری کنید که حداکثر مواضع خود را اعلام کنید نه اینکه از زبان رهبری سخنی بگویید".

هنوز به طور رسمی نظر آیت‌الله خامنه‌ای ـ- که سیاست‌گزاری کلان در این زمینه را انجام می‌دهد ـ- مشخص نیست. از زمان اعلام توافق میان ایران و اعضای گروه ۱+۵ تا كنون، آیت‌الله خامنه‌ای دو بار تاکید کرده که "برای تصویب این متن، یک مسیر قانونیِ پیش‌بینی‌شده‌ای وجود دارد که باید این مسیر را طی کند و خواهد کرد". او همچنین از به کار بردن عبارت "توافق" ـ- آن‌گونه که اعضای دولت و حامیان روحانی از آن یاد می‌کنند ـ- خودداری و آن را "متن" توصیف كرده است.

رهبر جمهوری‌اسلامی البته اشاره‌ای به مسیر قانونی مورد نظر خود نکرده و مشخص نیست که این مسیر باید از طریق مجلس شورای اسلامی طی شود یا در اختیار شورای عالی امنیت ملی است.

چند روز پس از توافق هسته‌ای نیز وب‌سایت دفتر آیت‌الله خامنه‌ای در یادداشتی به انتقاد از برخی مخالفان گفت‌وگوهای هسته‌ای پرداخت که "تیغ انتقاد خود را به نحوی به سمت تیم مذاکره‌کننده برده‌اند که گویی متن جمع‌بندی جز با خیانت آنها آماده نشده است" و چنین رویکردی را خلاف نظر آیت‌الله خامنه‌ای توصیف کرد. نویسنده اما بلافاصله اضافه کرده بود که "برخی نيز این ابراز تشکر رهبر معظم انقلاب از زحمات تیم مذاکره‌کننده را مترادف تأیید نتیجه مذاکرات می‌دانند که این نگاه هم اشتباه است".

پس از انتشار سرمقاله شریعتمداری، وب‌سایت عصر ایران در همین زمینه نوشت: "ممکن است عده ای حتی افرادی که نماینده رهبری در ارکان یا رسانه‌ای هستند، نظری داشته باشند که حتی مخالف نظر رهبری باشد ولی حق ندارند نظر خود را به عنوان نظر رهبری به جامعه ارائه دهند و آن را با عبارات تاکیدی، محکم‌کاری هم کنند".

آیت‌الله خامنه‌ای خود ماه گذشته در دیدار با دانشجویان در این‌باره گفته بود: "من خودم هنوز که الحمدلله زبانم از کار نیفتاده؛ حرف خود من که مقدّم به حرف آنها است. آن‌چه من می‌گویم، حرف من آن است؛ کسانی هم که حرف می‌زنند... از قول رهبری نمی‌گویند… شما حرف من را از خود من بشنوید".

رهبر ایران اضافه کرده بود: "این هم نمی‌شود که من هرجا هرکسی از نمایندگان ما یک چیزی گفت، ما فورا بگوییم آقا! شما، این را غلط گفتید، این را درست گفتید، روابط عمومی اعلان کند؛ این هم نمی‌شود. بله، اگر از قول حقیر، کسی چیزی بگوید و به گوش من برسد و خلاف باشد، ما به خود او بلافاصله تذکر می‌دهیم؛ مکرر اتفاق افتاده؛ تذکر دادیم، گفتیم که شما خودتان این را اصلاحش کنید، آن طرف هم اصلاح کرده".

با این حال به نظر می‌رسد بخشی از اصو‌ل‌گرایان معتقدند كه بايد متناسب با آنچه که "تئوری محذوریت" رهبر جمهوری‌اسلامی شناخته می‌شود رفتار كنند. آنها معتقدند که آیت‌الله خامنه‌ای به دلیل محذوراتی گاهی نمی‌تواند منویات قلبی خود را اعلام کند و وظیفه حامیان اوست که این خواسته‌ها را درک کنند.