هاشمی رفسنجانی روز یکشنبه ۱۷ دی ۱۳۹۵ درگذشت. در ایران ۳ روز عزای عمومی اعلام شد و صدا و سیمای جمهوری اسلامی، در ‌ظرف چند روز گذشته گوشه‌هایی از زندگی او را به نمایش گذاشت. نمایندگی‌های جمهوری اسلامی ایران در خارج از کشور از جمله در آلمان نیز "مراسم ارتحال" او را برگزار کردند.

رسانه‌های داخل کشور به تفصیل درباره شخصیت و کارنامه سیاسی رفسنجانی می‌نویسند و بیشتر از دوران سازندگی او یاد می‌کنند. به‌خلاف تمجیدهای جاری، دوران زمامداری رفسنجانی برای رهبران حزب دمکرات کردستان ایران، یادآور ترور‌ کادرهای این حزب در برلین و وین است.

صدور رای دادگاه برلین علیه رفسنجانی
دادگاه عالی برلین در ارتباط با صدور دستور ترور در رستوران میکونوس در برلین، سران جمهوری اسلامی از جمله هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور وقت ایران را مقصر شناخت. حکم دادگاه عالی برلین در تاریخ ۲۱ فروردین ۱۳۷۶ بعد از ۴ سال تحقیق و بررسی صادر شد. این دادگاه به‌طور رسمی از آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، اکبر هاشمی رفسنجانی، رئيس جمهور وقت، علی‌اکبر ولایتی، وزیر وقت امور خارجه و علی فلاحیان وزیر وقت اطلاعات نام برد.

کاظم دارابی (راست) در کنار دو تروریست لبنانی. دارابی پس از ۲۰ سال زندان آزاد و راهی ایران شد و از سوی مسئولان جمهوری اسلامی مورد تقدیر قرار گرفت
رفسنجانی در آن زمان، پیش از اعلام رأی نهایی دادگاه میکونوس، دولت آلمان را تهدید کرده و گفته بود در صورتی که حکمی علیه ایران صادر شود، آلمان باید بداند که چه "امتیازاتی را در ایران از دست می‌دهد".
دادگاه عالی برلین ولی تسلیم این‌گونه فشارها نشد و در اواخر دور دوم ریاست جمهوری رفسنجانی او را به عنوان فردی که فرمان اجرای عملیات ترور میکونوس را داده است، شناسایی و محکوم کرد. در حكم دادگاه اعلام شد: «...رهبر، رئيس جمهور، وزير امور خارجه، وزير اطلاعات و امنيت، فرمانده سپاه پاسداران ... در "كميته امور ويژه"، كه ارگانی خارج از قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران است، درباره ترور ميكونوس تصميم گرفته‌اند.»

رفسنجانی تا آخرین لحظات زندگی خود درباره نقش خود در پرونده میکونوس صریح صحبت نکرد و پرده از راز این ترور برنداشت. او در پایان سال ۱۳۹۰ در یکی از مصاحبه‌های مفصل خود با "فصلنامه مطالعات بین‌المللی"، ترور میکونوس در برلین را به "آدم‌های خودسر" نسبت داد که به منظور ضربه‌زدن به روابط ایران با اروپا از طرف "گروه‌های افراطی" انجام گرفت. او گفت که امام (خمینی) هم با اینگونه اعمال مخالف بوده است.

مصطفی هجری دبیرکل حزب دمکرات کردستان ایران به دویچه وله می‌گوید: «رفسنجانی یکی از ستون‌های اصلی جمهوری اسلامی ایران و یکی از آمرانی بود که دستور قتل رهبران حزب دمکرات کردستان ایران را صادر کرد.»
رهبر حزب دمکرات کردستان ایران در ادامه عنوان می‌کند: «کسانی که قربانی ترورها و قتل‌های زنجیره‌ای در ایران هستند هیچوقت رفسنجانی و بقیه سران جمهوری اسلامی را نخواهند بخشید تا زمانی‌که این قاتلان در یک دادگاه عادلانه مثل دادگاه برلین محاکمه نشوند.»

هجری معتقد است که مردم کرد، رفسنجانی را به عنوان یکی از مجریان طرح ترور دکتر قاسملو و دکتر صادق شرفکندی می‌دانند و کردهای ایران هیچوقت "این جنایات" را فراموش نخواهند کرد: «فقدان رفسنجانی تاثیرات منفی در آینده نظام جمهوری اسلامی خواهد داشت. چون دیگر شخصیت بانفوذ و نزدیک به خامنه‌ای وجود نخواهد داشت. در میان گروه‌های مختلف جمهوری اسلامی ایران اختلافات و شکاف‌ها را بیشتر خواهد کرد، چون کس دیگری نیست که راه حلی برای این اختلافات پیدا بکند.»

به نظر شاهو حسینی، نماینده‌ حزب دمکرات کردستان ایران در اروپا "رفسنجانی جزئی از سیستمی بود که تصمیم گرفته بود مخالفان خودش را چه در اروپا و چه در داخل کشور حذف فیزیکی کند."
به گفته نماینده‌ حزب دمکرات کردستان ایران در اروپا، "پرونده ترور میکونوس از نظر تاریخی و وجدان بیدار مردمی هیچوقت با مرگ رفسنجانی فراموش نخواهد شد".
رفسنجانی دارفانی را وداع گفت. نام رستوران میکونوس نیز بعد از ترور یاد شده، تغییر کرد. در محل قتل رهبران کرد ایرانی در برلین، اکنون فقط لوح یادبودی قرار دارد که شهرداری برلین آن را نصب کرده است. بر روی این لوح آمده است: «در این مکان، رستوران میکونوس سابق، در ۱۷ سپتامبر ۱۹۹۲ رهبران پیشین حزب دمکرات کردستان ایران، دکتر صادق شرفکندی، فتاح عبدلی، همایون اردلان و نیز سیاستمدار ساکن برلین، نوری دهکردی، توسط حاکمان وقت در ایران به قتل رسیدند. آنها در راه مبارزه برای آزادی و حقوق بشر به خاک افتادند.»