یکی از کارکنان دادگاه ویژه روحانیت، با ارسال نوشته‌ای برای «آمدنیوز»، از تأسیس معاونت سری «حوزه و مراجع تقلید» در وزارت اطلاعات پرده برداشته و نوشت: «این معاونت وظیفه شناسایی و پرونده‌سازی برای کنترل مراجع تقلید و همراهی آنان با آیت‌الله خامنه‌ای را بر عهده دارد.»

متن ارسالی این مقام امنیتی شاغل در دادگاه ویژه روحانیت را که به «شرط افشا نشدن نام» درخواست انتشار آن‌را مطرح کرده، به شرح زیر است:

بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، و مشخصا، بعد از رحلت امام خمینی(ره)، روحانیت شیعه در ایران، وارد فاز جدیدی گردید؛ به طوری که سازمان‌های اطلاعاتی، برای کنترل مراجع تقلید مستقل و روحانیون غیر وابسته، دست به اقدامات گسترده‌ای زدند.

در سال ۱۳۶۸، بعد از وفات امام راحل، معاونتی سری، به نام «حوزه و مراجع تقلید» در وزارت اطلاعات تاسیس گشت؛ عمده فعالیت این معاونت شناسایی و تحت نظر گرفتن مراجع تقلید و روحانیون برجسته مستقل بود، تا در موقع لزوم، با پرونده سازی‌های مختلف بتواند، ایشان را کنترل کند؛ همچنین از مخالفت‌های احتمالی با رهبری جدید، ممانعت به عمل آورده شود!

با گذر زمان، و ظهور برخی دولت‌ها، شکاف میان دولت و نظام بالا گرفت؛ وزارت اطلاعات در موارد بسیاری در امور مربوط به تقابل نظام، مراجع و روحانیون مستقل ورود پیدا نمی‌کرد؛ و حاکمیت چاره این‌کار را در تقویت سازمان اطلاعات سپاه پاسداران دید، تا خلاء ناشی از عدم ورود وزارت اطلاعات، در این موارد را پر کند.

بعد از وفات آیت‌الله العظمی اراکی، نیروهای اطلاعاتی، تلاش بسیاری را در جهت فیلترینگ مرجعیت شیعی انجام دادند، که با نفوذ نیروهای اطلاعات سپاه در تمامی بیوت، این امر به تثبیت کامل رسید.

امروزه بیتی از بیوت مراجع تقلید را نمی‌توان یافت که یا مستقیما توسط اطلاعات سپاه اداره نشود و یا نیرو یا نیروهایی نفوذی از این سازمان در آن بیوت به صورت کاملا ناشناس، با آن سازمان، همکاری نداشته باشد.

پر واضح است، در این سیستم طراحی شده، توسط نیروهای اطلاعاتی، برای فیلتر کردن مرجعیت شیعی، اگر عالمی برجسته و مستقل، برای ادای تکلیف بخواهد بساط مرجعیت خویش را بگستراند، با برخورد شدید و پرونده‌سازی حاکمیت مواجه خواهد گردید!

یکی از این روحانیون برجسته و مستقل حوزه علمیه قم، که سابقه تدریس و انقلابی ایشان به بیش از پنجاه سال می‌رسد، حضرت آیت‌الله العظمی نکونام می‌باشد؛ با اعلام مرجعیت توسط ایشان، از سال ۱۳۸۶ تاکنون، شدیدترین هجمه‌ها را به وی شاهد بوده‌ایم!

در سال ۱۳۸۶، ابتدا کتاب‌های فقهی این مرجع تقلید شیعه جمع‌آوری گردید، سپس مجوز مؤسسه و انتشارات منتسب به دفتر وی ابطال گردید. در سال ۱۳۹۰، بعد از چاپ رساله‌های توضیح المسائل، ایشان را به مدت یک هفته بازداشت کرده و دفتر وی را بسته اعلام می کنند، و تمامی رساله‌های عملیه وی را از سطح کشور جمع‌آوری می‌کنند. در سال ۱۳۹۳، با تثبیت مرجعیت آیت‌الله نکونام و خوف حاکمیت از قدرت گرفتن وی، در ۱۱ دی‌ماه دستور بازداشت ایشان را توسط دادگاه ویژه روحانیت صادر می‌کنند و چندی بعد تمامی کتب مجوزدار وی را از انبارهای کتب وی و از سراسر کشور جمع آوری می کنند. آیت الله نکونام، هم اکنون نیز با وجود بیماری‌های مختلف، در حال دادن تاوان، برای مرجعیت مستقل و غیر وابسته به حاکمیت می باشد.

باید به خدای متعال پناه برد و بدین نکته واقف بود که حوزه‌های علمیه شیعه صاحبی دارد در کمین، که هماره مراقب و مواظب آن بوده و هست و هیچ‌گاه به احدی اجازه دست درازی به حوزه‌های علمیه را نخواهد داد؛ حضرت حجت بن الحسن المهدي، امام عصر(عج)، تنها صاحب حوزه‌های علمیه شیعه است و تاریخ گواه این مطلب بوده و هست که روحانیت شیعه همواره دست رد بر سینه کسانی زده که نیت شوم کنترل روحانیت مستقل شیعه را در مخیله خویش می پروراندند.