محمود احمدی‌نژاد رئیس جمهوری پیشین، در نامه‌ای که توسط سایت "دولت بهار" منتشر شده می‌گوید: «مقامات قوۀ قضاییه بدون هیچ سند و مدرک برای اثبات مجرمیت حمید بقایی معاون اجرایی رییس جمهور دولت دهم، طی دو مرحله ایشان را به صورت غیر قانونی بازداشت و در زندان انفرادی محبوس نموده و همزمان در رسانه‌ها، اتهامات کذب فراوانی را به ایشان منتسب کرده‌اند».

احمدی‌نژاد از معاون سابق خود سخت دفاع کرده و نوشته است که اتهامات وارده «هیچ ارتباطی به وی ندارد» و کسانی می‌خواهند آنها را «تحت پوشش دادگاه غیرعلنی و با قدرت و زور قوۀ قضاییه به آقای بقایی بچسبانند».

حمید بقایی و علی‌اکبر جوانفکر مشاور رسانه‌ای محمود احمدی‌نژاد، روز چهارشنبه ٣ آبان/٢۵ اکتبر به دادسرای فرهنگ و رسانه احضار شدند. این دو به «نشر اکاذیب به قصد تشویش اذهان عمومی» متهم هستند، اما حمید بقایی قبلاً به اختلاس نیز متهم و حتی برای مدت کوتاهی زندانی شد.

اینک احمدی‌نژاد در نامۀ مفصل خود اتهامات علیه بقایی و علیه دولت دهم را یک یک رد می‌کند و مثال می‌زند که کمک به دانشگاه بین‌المللی ایرانیان یا درخواست پرداخت پاداش سیصد میلیون تومانی به ۱۶ نفر از اعضاء دولت، هیچکدام غیرقانونی نبوده و بی‌جهت «اختلاس تلقی شده است».
او می‌افزاید، «کمک‌هایی که به طرق مختلف به امثال خانواده شهدا، هنرمندان، اصحاب رسانه، شخصیت‌ها، قاریان قرآن، ائمه جمعه و نیازمندان» انجام شده تماماً مطابق قانون بوده و قوه قضاییه نباید این موارد را «تصرف غیرقانونی» بنامد.

احمدی‌نژاد در دفاع از معاون پیشین خود می‌نویسد که در مورد «اتهام تبانی در عقد قرارداد و معاملات پنج شرکت عمدتاً دولتی» نیز حمید بقایی «نه مسئول بوده، نه آمر و نه امضاء کننده».
احمدی‌نژاد با طعنه به قوه قضاییه می‌نویسد: «به ادعای آقایان، ظاهراً حمید بقایی در جایی که هیچ سمت و دخالتی نداشته با خودش تبانی کرده است!».
او همچنین توضیح می‌دهد که «وجود شوکر برقی و تجهیزات دریافت تصاویر ماهواره‌ای که در بازرسی غیرقانونی از منزل بقایی توسط اطلاعات سپاه گزارش شده، هیچ ارتباطی با اتهام اولیه نداشته و دارای مجوز رسمی بوده است».

احمدی‌نژاد می‌افزاید که در مورد پروندۀ حمید بقایی «تصمیمی از قبل گرفته شده» و قوۀ قضاییه اصرار در اجرای آن دارد. او می‌نویسد: «به طور آشکار شاکی و قاضی یکی شده‌اند و اصرار دارند آقای بقایی، و در واقع دولت قبل را به هر قیمت محکوم کنند و از آن دولت انتقام بگیرند». او بقایی را فردی «مؤمن و پاک» معرفی می‌کند و می‌نویسد: «می‌خواهند در خفا سر افراد مؤمن را ببرند».

به نوشتۀ احمدی‌نژاد، «نحوه رسیدگی به پرونده بقایی حاکی از عمق وضعیت نابسامان جاری در قوه قضاییه است که این خود یکی از ریشه‌های اصلی مشکلات لاینحل کشور و فشار طاقت‌فرسا بر مردم محسوب می‌شود».