باباپور سال ۸۷ و در پی شرکت در تجمعات کنکوری‌ها مقابل سازمان سنجش و مجلس در ماجرای اجرای مصوبه بومی گزینی وزارت علوم بازداشت شده بود. او همچنین سوم مرداد ۸۸، یک هفته در بازداشت بود و پس از آن در ۱۲ آذر ۸۸ هنگام خروج از دانشگاه بازداشت شده و ۷۰ روز در حبس انفرادی بود. پس از آن او به ۲ سال حبس تعزیری محکوم شد.

مسعود باباپور در تیرماه سال ۹۰ در دادگاه دیگری، به اتهامات تبلیغ علیه نظام، اخلال در نظم و تمرد از دستور پلیس به ۶ ماه حبس قابل خرید و ۹ ماه حبس تعلیقی محکوم شد. او در تیرماه ۹۳ نیز به مدت یک ماه بازداشت بود و به قید وثیقه آزاد شد. باباپور نهایتا در سال ۹۷ و آخرین دادگاهش به ۱۳ سال حبس محکوم شد.