مهاجری با طرح این ادعا که "آن چیزهائی که آقای میرسلیم به آیت‌الله خلخالی نسبت داد درست نبود و هیچ سندی هم برای اثبات آنها وجود ندارد"، معاون وزیر کشور و وزیر ارشاد اصولگرای دوران بعد از انقلاب را متهم کرده که با حرف‌هایش "باعث خشنودی دشمنان شد، رسانه‌های آنها را تغذیه کرد و حتی می‌توانم بگویم به نوعی رژیم شاه را با آنهمه جنایت و وابستگی و خیانت که داشت، تبرئه کرد."

مصطفی میرسلیم اخیرا در مصاحبه‌ای گفته بود که آقای خلخالی در صدور حکم اعدام عجله داشته تا "بدون در نظر گرفتن جوانب امر و رسیدگی‌های لازم بسیاری از افسران شهربانی را اعدام کند. بدون این که به این موضوع توجه لازم داشته باشند که اصلاً این افراد نقشی در آزار و اذیت و شکنجه مردم داشتند یا خیر!"

او در ادامه جزئیات دیگری از اقدامات خلخالی را نیز عنوان کرده و از جمله گفته بود: «من خبر داشتم که برخی از همراهان ایشان برای این که مجوز ورود به یک خانه را بگیرند برخی از مواد مخدر یا موارد دیگر را به داخل منزل پرتاب می‌کردند و بعد به اهالی خانه می‌گفتند ما آمده‌ایم برای تفتیش و... بالاخره این قبیل کارها زیاده‌روی‌هایی بود که اوایل انقلاب صورت می‌گرفت.»