هیئت مدیره این انجمن با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد طی یک جلسه اضطراری، از مرتضوی که ریاست این انجمن را برعهده دارد، خواسته شده از مقام خود کناره‌گیری کند و از این انجمن «فاصله بگیرد».

هیئت مدیره انجمن پزشکان ایرانی آمریکایی همچنین به عکسی از این دیدار استناد کرده که مرتضوی را در کنار ابراهیم رئیسی در جریان سفر اخیر او به نیویورک نشان می‌دهد.

مرتضوی نیز علنا اعلام کرده این اقدام او یک مساله شخصی بوده و ربطی به نقش او در انجمن پزشکان ایرانی-آمریکایی ندارد.

انجمن پزشکان ایرانی-آمریکایی با محکومیت شدید این دیدار اعلام کرد: «صرف نظر از دلیل، این امر مورد قبول اعضای هیات مدیره نبوده، لذا هیات مدیره به اتفاق آرا از وی (مرتضوی) خواسته است که فورا استعفا دهد.»انجمن پزشکان ایرانی-آمریکایی همچنین خواستار فاصله گرفتن مرتضوی از این سازمان شدند: «از او می‌خواهیم از سازمان ما که در طول تاریخ ۳۰ ساله خود صرفا یک سازمان علمی، بشردوستانه، غیرسیاسی، غیرمذهبی و غیرانتفاعی بوده کاملا فاصله بگیرد.»

همچنین خسرو کشفی، استاد سیتی‌یونیورسیتی نیویورک، که او نیز در جلسه دیدار با ابراهیم رئیسی شرکت کرده بود، از این کار خود عذرخواهی کرد.

هفته گذشته ابراهیم رئیسی در حاشیه برگزاری مجمع عمومی سازمان ملل متحد با جمعی از ایرانیان مقیم آمریکا دیدار کرد و گفت: «هیچ ایرانی برای حضور در ایران ممنوع‌الورود نیست.»