همچنین، گزارش‌های بسیاری از تلاش نهادهای امنیتی برای سرپوش گذاشتن بر روی قتل معترضان، به دست سازمان حقوق بشر ایران رسیده است. بر این اساس، مسئولان تا زمان اخذ تعهد از خانواده‌های کشته‌شدگان برای سکوت یا تایید گواهی‌های فوت دروغین منتسب به پزشکی قانونی، از تحویل اجساد کشته‌شدگان سر باز می‌زنند. در برخی موارد، جسد بدون اطلاع خانواده‌ها و در مکانی دورتر از محل زندگی آنان دفن شده است.

فشار بر خانواده‌ها برای تایید سناریوهایی غیر از قتل به دست ماموران امنیتی، در مواردی به بازداشت و آزار جسمی و روحی دیگر افراد خانواده نیز رسیده است. این سناریوها، عمدتا مرگ به دلیل «پرتاب از بلندی، تصادف رانندگی یا مسمومیت با دارو، مشروب یا غذای فاسد» است.

از سوی دیگر، فشار بر پزشکان و اعضای کادر درمان برای صدور گواهی‌های فوت بر مبنای خواست نیروهای امنیتی، افزایش یافته است. سازمان حقوق بشر ایران، در حمایت از خواست پزشکان ایرانی مبنی بر ممنوعیت ورود نیروهای امنیتی به محیط های درمانی، بر ایجاد بستر مناسب برای ارائه خدمات به همه آسیب‌دیدگان و عدم دخالت نیروهای امنیتی در روند درمان و اظهار نظر تخصصی در مورد دلیل فوت، تاکید دارد.

محمود امیری‌مقدم، مدیر سازمان حقوق بشر ایران، گفت: «اجبار پزشکان به نوشتن گواهی دروغین، دستگیری معترضان مجروح در بیمارستان‌ها، و استفاده آمبولانس برای حمل نیروهای امنیتی، نمونه‌های دیگری از عدم پایبندی و زیر پا گذاشتن قوانین بین‌المللی و اصول اخلاقی توسط جمهوری اسلامی برای سرپوش گذاشتن بر جنایاتش را آشکار می‌کند. سازمان‌های بین‌المللی از جمله سازمان بهداشت جهانی و صلیب سرخ باید نسبت به سوء استفاده حکومت از نهادهای بهداشتی و درمانی واکنش فوری و قاطع نشان دهند».

بر اساس آمار و اطلاعات سازمان حقوق بشر ایران، شمار کشته‌شدگان اعتراضات اخیر به دست‌کم ۲۳۴ نفر رسیده است. براساس گزارش‌هایی که این سازمان دریافت کرده، ۲۹ تن از کشته‌شدگان زیر ۱۸ سال سن داشته‌اند. هنوز برای تمام آن‌ها شناسنامه و اسنادی که نشانگر سن دقیق ایشان باشد، دریافت نشده است. تلاش برای ثبت دقیق سن آنان ادامه دارد.

کشته‌شدگان تا امروز از ۲۱ استان مختلف گزارش شده‌اند و بیشترین کشته‌ها به ترتیب از استان‌های سیستان و بلوچستان، مازندران، تهران، گیلان و کردستان بوده‌اند.

۲۱ استانی که کشته شدن معترضان در آنها گزارش شده‌اند، به این شرح است: سیستان و بلوچستان ۹۳ نفر، مازندران ۲۸ نفر، تهران ۲۳ نفر، گیلان ۱۸ نفر، کردستان ۱۷ نفر، آذربایجان غربی ۱۳ نفر، کرمانشاه ۱۲ نفر، البرز ۶ نفر، خراسان رضوی ۴ نفر، اصفهان ۳ نفر، قزوین ۲ نفر، کهگیلویه و بویراحمد ۲ نفر، زنجان ۲ نفر، آذربایجان شرقی ۲ نفر، اردبیل ۲ نفر، ایلام ۲ نفر، بوشهر ۱ نفر، سمنان ۱ نفر، خوزستان ۱ نفر، مرکزی ۱ نفر و همدان ۱ نفر.

بیشترین کشته‌ها به ترتیب در روزهای ۳۰ شهریور (۲۱ سپتامبر)، ۳۱ شهریور (۲۲ سپتامبر) و ۸ مهر (۳۰ سپتامبر، جمعه خونین زاهدان) گزارش شده‌اند.

طی روزهای گذشته، مدارس و دانشگاه‌ها کانون اصلی اعتراضات بودند و خشونت‌های بسیاری بر علیه دانش آموزان گزارش شده است. حمله به مدارس و بازداشت و ضرب و جرح دانش آموزان همچنان ادامه دارد.

گزارش‌های بسیاری از بدرفتاری با بازداشت‌شدگان و ایراد اتهام‌های سنگین علیه آنان دریافت شده است. علی صالحی، دادستان تهران از «صدور قرار مجرمیت و کیفرخواست» برای چهار تن به اتهام «محاربه» خبر داده که بدین‌ترتیب، آنان در خطر صدور حکم اعدام قرار دارند.