برخی رسانه‌ها از حضور پرتعداد ماموران شهرداری تهران در خانه اندیشمندان علوم انسانی خبر دادند و نوشتند: شهرداری تهران سعی در تخلیه و پلمب ساختمان این مجموعه کرده است. روزنامه شرق نوشته که رییس و برخی مدیران خانه اندیشمندان، سه‌شنبه شب را برای حفظ این ساختمان در محل کارشان گذراندند.

این اقدام شهرداری تهران در‌حالی صورت گرفته که پیش‌ از‌ این، شورای شهر تهران با چنین اقدامی مخالفت کرده بود، اما براساس اطلاعات منتشر شده، ماموران شهرداری با دستور مستقیم «علیرضا زاکانی»، بر تخلیه و تحویل ساختمان اصرار داشتند.

در پی این اقدام شهرداری تهران، علیرضا غریب دوست، عضو گروه حقوق و دبیر انجمن حقوق شناسی خانه اندیشمندان به خبرنگار روزنامه پیام‌ما گفت: «اگر شهرداری تهران به حکم مرجع قضایی اقدام کند مطمئناً قابل تمکین است، اما راسا اقدام می‌کند قفلی مغزی در سالن‌ها را عوض می‌کند در شان هیچکس نیست.»

شهرداری تهران تاکنون توضیحی درباره این اقدام نداده است. اما بسیاری از کاربران معتقدند توییت هفته گذشته امین توکلی‌زاده معاون امور اجتماعی و فرهنگی شهرداری تهران می‌تواند، ماجرای پلمب خانه اندیشمندان را روشن کند.

توکلی نوشته بود: «خانه اندیشمندان و عملکرد این خانه محافظان و مدافعان و پیشنهادهای بهتر برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی در حوزه اندیشه ای واصل شده است. در نهایت پس از دو سال همکاری آغاز شد که خدماتی را که در انقلاب اسلامی باشد تداوم یافته و خدمت فراگیرتری به سایر اندیشمندان داده شود.

خانه اندیشمندان علوم انسانی یکی از برگزارکنندگان آیین‌های نکوداشت برای شخصیت‌های علمی و فرهنگی است و تاکنون دستکم برای دویست شخصیت شناخته شده در حوزه علم و فرهنگ مراسم نکوداشت برگزار کرده است.